После того как вельможа Виттерих, бывший арианином, умертвил сына Реккареда, короля Лиува II (601–603 гг.), и провозгласил себя новым королём, наступила арианская реакция. Однако уже в правление следующего короля Гундемара в 610 г. Исидор Севильский был с почётом приглашён в Толет, где состоялся Собор епископов Карфагенской провинции, на котором было решено придать статус первого епископа этой провинции епископу города Толет. Осознавая важность этого соборного решения для единства Испанской церкви, Исидор Севильский первым после короля поставил под ним подпись. В 612 г. испанский престол занял православный король Сисебут (612–621 гг.), с которым Исидора Севильского связывала тесная длительная дружба и общие литературные интересы. По просьбе поощрявшего научные занятия короля Сисебута Исидор Севильский написал трактат «О природе вещей», на который король ответил «Поэмой о затмении луны» («Carmen de eclipsi lunae»). Ему же Исидор Севильский посвятил первую редакцию «Этимологий», составленную около 620 г., в которой присутствуют косвенные свидетельства их литературной переписки. Для обучения молодых клириков Исидор Севильский недалеко от города Гиспалис устроил общежительный монастырь, где они должны были в течение четырёх лет получать знания, необходимые для последующей пастырской деятельности. По преданию, из стен этой школы вышли такие знаменитые ученики Исидора Севильского, как епископ Ильдефонс и епископ Браулио. В правление Сисебута Исидор Севильский занимал высокое положение в Испанской церкви и был советником короля в церковных вопросах и государственных делах. Около 615 г. Сисебут произвёл насильственное обращение проживавших в королевстве иудеев в христианство. Исидор Севильский, будучи согласен с ним по существу вопроса, упрекал его за применение методов, не соответствующих христианской вере. 13 ноября 619 г. в городе Гиспалис под председательством Исидора Севильского состоялся Собор епископов провинции Бетика, целью которого было решение канонических и вероучительных вопросов. Помимо Исидора Севильского на Соборе присутствовали шесть епископов и два представителя государственной власти. Участники Собора рассмотрели два спорных территориальных вопроса, а также некоторые церковно-канонические вопросы: о возвращении к своему епископу священников, перешедших в епархию другого епископа; о запрете рукоположения второбрачных; о разграничении прав епископов и священников; о запрете епископа лишать сана подчинённых ему священников без соборного рассмотрения дела; о положении дел в приходах и монастырях и др. Последним был рассмотрен вопрос о некоем монофизитском епископе Григории из Сирии, который нашёл прибежище в Испании. Исидор Севильский потребовал от него публичного отречения от ереси монофизитства и исповедания православной веры в две природы Христа. Исследователи полагают, что именно в связи с этим к деяниям Собора был присоединён составленный Исидором Севильским флорилегий, содержащий цитаты из Священного Писания и сочинений отцов церкви, в которых излагается православное учение о Христе. В целом на Соборе Исидор Севильский проявил себя как справедливый судья, мудрый администратор и тонкий богослов. После смерти Сисебута и краткого правления его сына Реккареда II королевский престол занял Свинтила (621–631 гг.), талантливый военачальник короля Сисебута. Король Свинтила изгнал византийцев из пределов Испании и окончательно объединил королевство, став первым вестготским королём, который правил всей Испанией.