После того как в 578 г. Леандр стал епископом Гиспальским, он поручил воспитание Исидора Севильского сестре Флорентине, которая после смерти матери стала настоятельницей женского монастыря. Исидор Севильский завершил образование в одном из монастырей или в епископской школе Гиспалиса, при которой была прекрасная библиотека, пополнившаяся за счёт семейной библиотеки отца Исидора Севильского. В процессе обучения Исидор Севильский часто заучивал содержание читаемых книг, так что впоследствии мог воспроизводить многие книги по памяти. Поздние Жития сообщают, что он проявил необыкновенное рвение к занятиям, так что не только овладел латинским, греческим и еврейскими языками, но и достиг совершенства в изучении всех наук тривия и квадривия, а также учений философов и «законов божественных и человеческих». В 579 г. Герменгильд, сын короля Леовигильда, принявший православную веру от жены, франкской принцессы Ингунды, поднял восстание против отца; епископ Леандр принял сторону Герменгильда. Как предполагают исследователи, Герменгильд попытался заручиться поддержкой византийского императора и направил епископа Леандра в Константинополь в качестве апокрисиария, где тот познакомился с Григорием I Великим, впоследствии ставшим епископом Римским. Из Константинополя Леандр писал Исидору Севильскому письма, увещевая его, не боясь смерти, твёрдо стоять за кафолическую веру. В 585 г. восстание было подавлено; Герменгильд по приказу Леовигильда был казнён. Вскоре после этого епископ Леандр вернулся на свою кафедру; он стал наставником другого сына Леовигильда, будущего короля Реккареда I (586–601 гг.). Согласно поздним Житиям Исидора Севильского, Реккаред был знаком с Исидором Севильским и нередко посещал его, слушая его рассуждения об истинной вере. Вступив на трон, Реккаред под влиянием епископа Леандра и Исидора Севильского в 587 г. принял православную веру, а в 589 г. созвал в городе Толет (ныне Толедо, Испания), столице Вестготского королевства, третий Толедский собор (см. Толедские Соборы), в котором участвовал епископ Леандр и на котором состоялось обращение вестготов в православную веру. Восстановление церковного единства устранило разногласие между готским и испано-романским населением страны и обеспечило Реккареду и последующим готским правителям поддержку церкви. Около 590 г. Исидор Севильский поступил в монастырь, где предполагал продолжить научные занятия и где начал собирать материалы для будущих трудов. Как сообщают поздние Жития, в монастырской келье его иногда посещал король Реккаред и клирики города Гиспалис, которые призывали его выйти из затвора и заняться проповедью и церковной деятельностью. Вскоре Исидор Севильский стал помогать епископу Леандру в церковных делах, исполняя функции диакона-помощника при епископе. Когда в 599 г. епископ Леандр заболел, он передал епископские полномочия Исидору Севильскому, видя в нём преемника по кафедре. После смерти епископа Леандра в 600 г. Исидор Севильский стал епископом Гиспальским. Его избрание произошло по общей воле клира и народа и было подтверждено королём Реккаредом и Римским епископом Григорием I Великим. Вступив на кафедру, Исидор Севильский посвятил себя служению интересам паствы не только своей епархии, но и всей Испании, став «надёжной опорой» государства. В начале своего епископства он столкнулся с трудностями во взаимоотношениях с готскими королями, хотя дело никогда не доходило до открытых конфликтов. В 601 г. скончался близкий друг Исидора Севильского король Реккаред.