Исследователям известен случай изображения Московских чудотворцев на полях Владимирской иконы – к этому варианту они относили икону с фигурами святых Москвы и Подмосковья, поднесённую московским дворянством наследнику цесаревичу Алексею Николаевичу в 1912 г. в память первого посещения «царствующего града Москвы». На этой иконе, подражающей памятникам XVI–XVII вв., Иоанн и Василий представлены на правом поле в одном клейме килевидной формы; правее в таком же клейме изображён блаженный Максим. Среди Московских святых Иоанн изображается на иконах второй половины XX в.; образ всея России чудотворцев в московской церкви пророка Илии в Обыденском переулке, написанный в 1952–1953 гг. Ириной Васильевной Ватагиной и Екатериной Сергеевной Чураковой под руководством монахини Иулиании (Соколовой). Образы Иоанна исследователи встречают и в других сюжетах, характерных для религиозного искусства Нового времени, например, на иконах Собора Российских чудотворцев, написанных мастерами-старообрядцами: на иконе из деревни Малая Горка Виноградовского района Архангельской области (первая половина XIX в., Русский музей); на иконе 1814 г. Петра Тимофеева (Русский музей); на иконах конца XVIII – начала XIX вв. (Музей изобразительных искусств Республика Карелия) и первой половины XIX в. из деревни Чаженьга Каргопольского района Архангельской области (Третьяковская галерея). Фигуры трёх московских юродивых включены в расширенную группу праведных и юродивых, которая находится в верхней части композиции; Иоанн изображён за блаженными Василием и Максимом, перед Исидором Ростовским (выше помещена фигура блаженного Иоанна Устюжского). Существуют близкие по времени примеры написания образа Иоанна в сложных многофигурных композициях, создававшихся по заказу старообрядцев (складень с иконой «О Тебе радуется» (последняя четверть XVIII в., Русский музей), где Иоанн представлен дважды – на правой планке обрамления средника и в нижней части правой створки). Особую группу составляют иконы «Шестоднев», во множестве исполнявшиеся палехскими мастерами XIX в.; вариант этой иконографии, по мнению исследователей, разработанный в мастерской Василия Хохлова, представлен иконами с образом Христа Вседержителя в среднике. В таких случаях Иоанн обычно изображается на нижнем поле вместе с блаженными Прокопием Устюжским или Исидором Ростовским, на фоне пейзажа; симметрично располагаются фигуры Василия Блаженного и блаженного Максима Московского (если последние в таких произведениях изображаются постоянно, то образ Иоанна присутствует не всегда). Между клеймами с фигурами юродивых размещается сцена убиения св. царевича Дмитрия, свидетельствующая о важности для этих икон темы Московских святых и напоминающая об ассоциациях иконографии св. царевича Дмитрия с иконографией московских блаженных.