В Переславле-Залесском Иринарх исцелил своего друга диакона Онуфрия от «трясавицы», дав ему четвертушку хлеба. Встреча Иринарха с царём Василием Ивановичем Шуйским (1606–1610 гг.) состоялась в Благовещенском соборе Кремля. Иринарх благословил царя крестом и рассказал о бывшем ему откровении. По просьбе царя святой прошёл во дворец, где благословил царицу Марию Петровну, но отказался принять от неё в подарок полотенца. Царь повелел дать Иринарху возок и проводить до обители. В октябре 1608 г. отряд тушинцев под командованием П. Головича захватил Ростов и учинил в городе резню, после чего жители города принесли присягу Лжедмирию II. В отличие от других городов Замосковного края в Ростове не было восстаний против самозванца, город вернулся под власть царя Василия Шуйского только после решающих побед князя Михаила Васильевича Скопина-Шуйского. Борисоглебские монахи признали Лжедмитрия II и обращались к нему с просьбами. Согласно Житию, во время Смуты Иринарх продолжал молиться за царя Василия Шуйского; видимо, святой и его ученики находились в изоляции в монастыре и не оказывали влияния на братию. В мае 1609 г. окрестности монастыря были разграблены татарами. Насельники Борисоглебского монастыря жаловались литовскому военачальнику Яну Петру Сапеге на то, что татары вместе с жёнами селятся в монастырских кельях, вынуждая монахов жить в подсобных помещениях. В Житии сообщается, что Ян Сапега посещал Борисоглебский монастырь. Удивлённый необычайным подвижничеством и бесстрашием Иринарха, литовский военачальник наказал ограбившего монастырь польского офицера Сушинского, дал Иринарху 5 руб. и повелел своим солдатам не причинять обители вреда. Иринарх предсказал Яну Сапеге скорую смерть, если тот не покинет Русскую землю (Сапега умер в Москве в ночь с 14 на 15 октября 1611 г.). Преподобный посылал в качестве благословения просфоры и крест князю М.В. Скопину-Шуйскому, командовавшему правительственными войсками. По «слову старцову» в августе 1609 г. князь М.В. Скопин-Шуйский разбил войско Яна Сапеги в сражении под Макариевым калязинским во имя Святой Троицы монастырём и в октябре того же года захватил Александровскую слободу, после чего Иринарх повелел князю «итти под Троицу». М.В. Скопин-Шуйский направил в Троице-Сергиев монастырь отряд из 300 человек, который 16 октября прорвался в крепость, в январе 1610 г. была снята осада монастыря и в феврале того же года правительственные войска разбили сапежинцев под Дмитровом. В марте 1610 г. князь М.В. Скопин-Шуйский вступил в Москву, Иринарх послал к нему ученика инока Александра, чтобы забрать крест, который ранее дал полководцу «на помощь на прогнание сопостат». Осенью 1612 г. поляки вновь захватили Ростов и на два с половиной месяца заняли Борисоглебский монастырь. Игумен Симеон с братией бежал на Белое озеро, но Иринарх с учениками остался в обители. В Житии рассказывается, как позднее в Борисоглебский монастырь к Иринарху приходили князь Дмитрий Михайлович Пожарский и Кузьма Минин, старец благословил их идти на Москву и дал свой крест. Этот сюжет получил широкое отражение в иконописи. Однако в рассказе о походе второго ополчения к Москве, основанном, как показала Варвара Гелиевна Вовина-Лебедева, на воспоминаниях князя Д.М. Пожарского, говорится о посещении им Евфимиева суздальского в честь Преображения Господня мужского монастыря и о чудесных явлениях в Троице-Сергиевой обители, но ничего не сообщается о встрече с Иринархом.