Предшествующая деятельность святого изложена в виде последовательного повествования. Вторая часть Жития представляет собой совокупность разрозненных эпизодов – описаний чудес и поучений, завершается похвалой Ионе и описанием его кончины, затем кратко повествуется о трёх его преемниках. Житие заканчивается эпилогом в форме рассказа о перенесении мощей Ионы. По мнению исследователей, Житие св. Иоанна сближают с Житием св. Колумбана не только особенности стиля (сочетание сложного языка с яркими реалистическими зарисовками), но и общие мотивы (например, интерес к описанию монастырской жизни). Стремление Ионы поставить описываемые события в исторический контекст помогает уточнить хронологию жизни св. Иоанна. Одному из чудес предпослан краткий рассказ о походе короля Австразии Теодеберта I в Италию (539 г.), который не относится напрямую к повествованию, однако важен для датировки описываемых событий. Подробно рассказывая о деятельности св. Иоанна, Иона уделяет внимание его роли в становлении раннего франкского монашества, как одного из предшественников св. Колумбана. Агиограф подробно информирует читателя об аскетической традиции, в русле которой действовал св. Иоанн. После основания монашеской общины он, чувствуя, что ему не хватает опыта в подобных делах, провёл некоторое время в Леринском монастыре под руководством св. Гонората. Вернувшись в свою обитель по указанию епископа Григория Лингонского (Лангрского), св. Иоанн упорядочил жизнь монахов, установив заимствованный из Лерина Устав св. Макария. В похвале св. Иоанну Иона подчеркнул особое внимание святого к аскетическим сочинениям Иоанна Кассиана Римлянина. В ряде эпизодов, иногда развёрнутых в самостоятельные новеллы, агиограф описывает жизнь св. Иоанна как мудрого настоятеля монашеской общины, где каждый живёт за счёт своего труда. Сцены из жизни монахов напоминают эпизоды из Жития св. Колумбана. Иона отметил стремление подвижника оказывать благотворное влияние на мирян: св. Иоанн устроил монастырь не только для жительства монахов, но для наставления мирян (monachis ministrare adque aeducatam in melius plebem ad caelestia gaudia provocare). Ряд эпизодов посвящён помощи, которую святой оказывал мирянам, в исцелении больных и спасении голодающих. Иоанн учил мирян добывать хлеб собственным трудом, вразумлял чванных, жестоких и несправедливых людей. Поскольку агиограф считал св. Иоанна предшественником св. Колумбана в распространении монашества в Галлии, он уделял особое внимание преемственности в монастыре. Преемник св. Иоанна аббат Сильвестр во всём следовал примеру наставника и также достиг святости, перед смертью он назначил своим преемником Муммолина, который был избран на Лингонскую кафедру, и с согласия братии поставил аббатом монастыря Леобардина. При Леобардине братии в видении явились святые Иоанн и Сильвестр, после чего было совершено перенесение мощей святого. Леобардину в должности настоятеля наследовал, как полагают исследователи, современник Ионы аббат Хуннан, т.е. агиограф попытался довести обзор монастырской преемственности до своего времени.