В конце первой книги приведены ещё два гимна в честь св. Колумбана. Вторая книга Жития св. Колумбана тематически делится на четыре части: биография Атталы, аббата монастыря Бобий; история монастыря Луксовий при Евстасии и дело Агрестия; чудеса в монастыре Эбориак; чудеса, происшедшие в монастыре Бобий при аббате Бертульфе. Пролог, эпилог или стихотворные вставки во второй книге отсутствуют. Необычная структура Жития и разнородный характер частей произведения дали некоторым исследователям повод сомневаться в том, что реконструированный Б. Крушем текст соответствует авторской редакции Жития. Так, В. Бершин полагал, что после написания первой книги (собственно Житие св. Колумбана) Иона сделал к ней ряд приложений, которые в рукописной традиции были объединены во вторую книгу. А. де Вогюэ и К. Станклифф доказали несостоятельность подобных предположений, тем не менее, отметив, что в рукописной традиции иногда распространялись отдельные части Жития. Житие св. Колумбана, богатое сведениями разного характера (в том числе просопографическими данными), исследователи считают одним из ценнейших источников по истории меровингской Галлии конца VI – VII вв. И. Вуд отметил важность Жития, в котором нашли отражение политические притязания и конфликты, определявшие жизнь монашества в VII в. Церковно-политическое содержание Жития повлияло на методы агиографа: он должен был скрыть некоторые события, повлиявшие на развитие франкского монашества в первой половине VII в. В прологе к Житию Иона признался в том, что отбирал факты и замалчивал те события, которые он якобы не мог точно вспомнить. Иона обходит молчанием или рассказывает в искажённом виде (это для исследователей становится явным в том числе из сравнения его сведений с письмами Колумбана) о конфликтах св. Колумбана с церковными и политическими деятелями, вызванных, например, приверженностью св. Колумбана ирландским методам исчисления Пасхи или его симпатиями к сторонникам аквилейской схизмы. Агиограф отмечал, что эти сведения «не следует включать в наше сочинение». Недовольство монахов обычаями, введёнными св. Колумбаном, Иона приписывает проискам королевы Брунхильды и других недругов святого. В Житии не упоминается о ссоре между св. Колумбаном и св. Галлом, который не пожелал следовать за наставником в Италию. Согласно древнейшему Житию св. Галла (VIII в.), Колумбан отлучил Галла от церкви. Иона намеренно прибегал к искажению сведений о св. Колумбане, руководствуясь требованиями сложной церковно-политической ситуации. Необычайно строгий Устав св. Колумбана, специфические ирландские обычаи и отказ святого сотрудничать с местными церковными иерархами вызвали неприятие галльских епископов и части аристократии. В 626/627 г. на Соборе в Матисконе (ныне Макон) аббат Евстасий был вынужден отказаться от ирландских методов исчисления Пасхи и особой формы тонзуры, а также внёс изменения в монастырский устав. По мнению исследователей, в Луксовии и в других монастырях был введён смешанный Устав св. Колумбана и Венедикта Нурсийского. По мнению исследователей, в 628 г. по требованию папы Римского Гонория I ирландские обычаи были отменены и в аббатстве Бобий.