В 1830–1832 гг. Иона осуществил опись церковного имущества и доходов экзархата. Его переписка с И.Ф. Паскевичем позволяет исследователям представить имущественное положение церкви в Грузии на тот момент. Так, в письме от 17 января 1830 г. Иона пишет, что «достояние Грузинской и Имеретинской Церквей (т.е. в Восточной и в Западной Грузии)… состоит из крестьян и разного недвижимого имения». В Восточной Грузии это около 15 тыс. церковных крепостных крестьян мужского пола; подать составляла около 30 тыс. руб. серебром в год; среди недвижимого имущества числились сады, дома, лавки, красильни, мельницы, пахотные и сенокосные земли, рыбные ловли, минеральная баня в Тифлисе и др., годовой доход с чего составлял 17–20 тыс. руб. серебром. В Западной Грузии было 7 тыс. церковных крепостных крестьян (доход до 11 тыс. руб. серебром в год); недвижимое имущество приносило годовой доход в размере 1 тыс. руб. серебром. Иона отметил, что «церковные крестьяне и имения» в Гурии и Мегрелии находились в ведении местных епархиальных архиереев, а не Грузино-Имеретинской синодальной конторы. Собранные Ионой сведения оказались неполными. Он писал, что невозможно определить точное число церковных земель, поскольку «генерального со стороны Российского правительства размежевания в Грузии и Имерети земель и лесов казённых, церковных и помещичьих доселе ещё не было», а в имеющихся документах «мера их» не указана; точное число крестьян также установить было невозможно, поскольку «при учинении камеральных церковных описаний многие не вошли в оныя или за отлучками их… по своим надобностям за границу, или по жительству их в помещичьих селениях и скрытию принадлежности к Церкви». Иона стремился вникать во все дела, много ездил, не щадил своих сил. За десять лет служения в Грузии он ни разу не пропустил ни одной службы. Почти достигнув 70-летнего возраста, стал часто и подолгу болеть. Он просил позволить ему уйти на покой и надеялся провести остаток дней, приняв схиму в Саровской пустыни. 5 марта 1832 г. Иона был уволен от управления Грузинским экзархатом с пенсией 6,2 тыс. руб. в год, введён в присутствие Синода; 12 марта на место экзарха в Грузию был назначен епископ Саратовский Моисей (Богданов-Платонов). Иона проживал в Александро-Невской лавре в Санкт-Петербурге, вёл аскетичный и уединённый образ жизни, носил простую длинную рубаху из грубого холста, сам чинил одежду и обувь. Имел много церковных и государственных наград, но все их жертвовал церквам, монастырям и на милостыню. В 1839 г. по указу императора Николая I был награждён звездой и крестом ордена Александра Невского с бриллиантами; наградная звезда была пожертвована им Казанской иконе Божьей Матери в калужскую Казанскую церковь как прообраз Пресвятой Богородицы («Звезды, являющей Солнце – Господа нашего Иисуса Христа»). За несколько месяцев до кончины Иона сильно ослабел и не вставал. Он не оставил никакого имущества. Похоронен в лаврской Феодоровской (Никольской) церкви. Первое жизнеописание Ионы было составлено М. Бельским (издано в 1852 г.). Автор опирался на сведения келейника Ионы иеромонаха Иеронима и слуги Кузьмича (оба находились при Ионе на протяжении последних 17 лет его жизни). Более полное жизнеописание Ионы с привлечением калужских, тамбовских и грузинских источников было опубликовано в «Историческом вестнике» (1881–1905 гг.) и в «Калужских епархиальных ведомостях» (1906 г.); в 1908 г. издано Белгородским епископом Никодимом (Кононовым). ф