Однако работа комиссии встретила препятствия: тагаурские старшины, прежде просившие открыть во Владикавказе, в Балте, Кобане и Ларсе (Терская область, ныне на территории Северной Осетии) православные приходы, в результате чего Иона отдал распоряжение Владикавказскому благочинному протоиерею Иосифу Елиосидзе выстроить там каменные церкви, чтобы священники могли «находиться безотлучно» с новообращёнными тагаурцами (этнографическая группа осетин), остались мусульманами и препятствовали проповеди, запрещали священникам находиться в сёлах. Иона просил управляющего Грузией генерала Ивана Александровича Вельяминова (19 мая 1822 г.) и генерала А.П. Ермолова (5 декабря того же года) оказать содействие постройке церквей через местные гражданские власти. Особенно успешной была в середине 1820 гг. работа сотрудника Осетинской духовной комиссии протоиерея Николая: сумев найти общий язык со старейшинами, «имеющими к нему особое доверие и преданность», он содействовал не только проповеди православия среди осетин, но и подготовке постройки такого стратегически важного объекта, как Военно-Грузинская дорога, соединяющая Владикавказ и Тифлис. По распоряжению Ионы в храмах Владикавказа и некоторых других начали проводить богослужения на осетинском языке; в 1826 г. было открыто несколько церковноприходских школ в населённых осетинами сёлах в Тифлисской губернии: Бекмаре (Горийский уезд), Кешельте, Едисе и Джаве (Душетский уезд). И.Ф. Паскевич в сообщении А.А. Закревскому от 5 июня 1828 г., основываясь на сведениях Ионы и военного губернатора Тифлиса генерал-адъютанта Николая Мартемьяновича Сипягина, писал об ошибочной статистике христианизации осетин: согласно ведомостям, осетин крестилось 62 249 человек, в то время как народонаселение Осетии составляло на тот момент 15 тыс. человек. Очевидно, многие горцы, исходя из личной выгоды (получение продуктов питания, подарков, помощи), крестились по два или по три раза. Было решено выбрать несколько осетинских юношей «из лучших фамилий» и послать учиться в Тифлисскую духовную семинарию под личное попечение Ионы. Кроме Осетии работа комиссии охватила также Дагестан (Дагестанская область), Ингушетию (Терская область) и Абхазию (Кутаисская губерния). Обращение горцев проходило с большим трудом. В письме А.П. Ермолову от 25 февраля 1822 г. Иона отметил, что «между горскими народами, окружающими Грузию, остаются в язычестве бассиане и ингуши»; по отзывам миссионеров, они «склонны к принятию христианства, но боятся обиды от черкес, которые соседей их дигорцев и алагирцев (этнографические группы осетин), восприявших св. крещение, притесняют за то». Описывая ситуацию в Абхазии, Иона указал на массовую недавнюю исламизацию христианского населения региона и выразил надежду, что люди легко перейдут обратно в христианство. К ингушам была отправлена миссия (не принесла результатов), а Абхазия, как отметил в ответном письме А.П. Ермолов (21 марта 1822 г.), прежде «нуждается в политическом успокоении».