29 мая 1816 г. Иона вместе с проживавшим в Тамбове католикосом-патриархом Восточной Грузии Антонием II Багратиони; 1788–1811 гг.) присутствовал при закладке каменного храма в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» в тамбовском в честь Вознесения Господня женском монастыре. 5 сентября 1820 г. Иона освятил основной, Всехскорбященский алтарь церкви, 6 и 7 сентября – боковые приделы, во имя пророка Илии и Алексия, человека Божия. Строительство монастырского храма осуществлялось на средства архиерея. Трудами Ионы были возведены загородный архиерейский дом, колокольня при Преображенском храме, а также каменные церкви на Успенском и Воздвиженском кладбищах. В сентябре 1832 г., будучи уже экзархом Грузинского экзархата, Иона посещал Тамбов, общался с помнившими его клириками и монахинями. По его благословению был возведён Знаменский храм, положивший начало Сухотинскому в честь иконы Божьей Матери «Знамение» монастырю. В 1820 г. Иона был командирован обозревать Казанскую епархию, во время его отсутствия Тамбовской епархией управлял архиепископ Рязанский Сергий (Крылов-Платонов). Иона часто посещал Саровскую в честь Успения Пресвятой Богородицы мужскую пустынь, общался со старцами, дружил с иеромонахом Нифонтом (Черницыным), жёстким и требовательным строителем монастыря. Впервые приехав в Саровскую обитель 15 августа 1813 г., Иона посетил кельи всех насельников. По свидетельству очевидцев, Серафим Саровский не открыл дверь кельи архиерею. Разгневанный строитель иеромонах Нифонт уже собирался взломать дверь затворника на виду у братии, но Иона проявил деликатность и смиренно удалился. Позже Иона, как полагают исследователи, всё же встречался с преподобным. В письмах иеромонаху Нифонту неизменно просил кланяться «батюшке отцу Серафиму, в безмолвии пребывающему», просил его святых молитв, благословения «у боголюбезных старцев». После кончины преподобного Серафима в письме от 19 апреля 1833 г. Иона благодарил за передачу ему двух чёток на память о старце. Вместе с тем отношения Ионы с саровской братией не всегда складывались мирно. Когда в 1813 г. он впервые в истории Саровской обители наградил её строителя иеромонаха Нифонта набедренником, старшая братия во главе с казначеем возмущалась такому отличию «одного из равных». При Ионе впервые саровским строителем стал игумен: 12 марта 1818 г. Иона возвёл в этот сан иеромонаха Нифонта. Архиерей неизменно помогал Саровской пустыни: из Тифлиса прислал 15 тыс. руб. для росписи Успенского собора, 16 тыс. руб. на изготовление колокола (причём 10 тыс. из них – «секретно»). 26 апреля 1821 г. Иона был возведён в сан архиепископа и назначен на Астраханскую и Кавказскую епархию. Прибыл в Астрахань 28 июля. Управлял епархией лишь три месяца, но приобрёл любовь паствы – астраханцы запомнили Иону как милосердного и отзывчивого архипастыря. 1 октября 1821 г. Иона был переведён в Грузинский экзархат на место экзарха митрополита Феофилакта (Русанова), избран членом Святейшего Синода. 22 августа 1828 г. возведён в сан митрополита. Иона управлял экзархатом в сложный для Грузии период.