Уехав из Калуги, Иона никогда не оставлял попечения о родном городе. Так, на его средства (2 тыс. руб. серебром) в 1846 г. был вызолочен древний иконостас Троицкого собора Лютикового монастыря, в 1848 г. местные иконы Спасителя и Святой Троицы украшены сребропозлащёнными ризами с драгоценными камнями. Помимо денег Иона пожертвовал в обитель сребропозлащённые сосуды, богатую ризницу, книги для библиотеки, в том числе Евангелие, «обложенное сребротравчатою персидскою материею в лист, верхняя дска котораго с финифтяным изображением Воскресения Христова и евангелисты в серебре». По его ходатайству графиня Анна Алексеевна Орлова-Чесменская прислала из Киево-Печерской лавры в Лютиков монастырь чтимые списки Киево-Печерской иконы Божьей Матери и образ Благовещения в сребропозлащённых ризах (23 фунта и 85 золотников и 23 фунта и 8 золотников). Заботился Иона и о других калужских монастырях: в течение жизни пожертвовал шести мужским обителям и одной женской 14 тыс. руб. Иконы, ризы, сосуды, книги и другие пожертвования получали от Ионы калужские Никитская, Николо-Казинская, Пятницкая, Васильевская, Воскресенская церкви. Казанскому храму Калуги Иона передал 17 тыс. руб. В 1840 г. в связи с голодом в Калужской губернии Иона выслал в калужское попечительство о бедных духовного сословия 3 тыс. руб., а также пожертвования неимущим. 24 марта 1812 г. Иона был хиротонисан во епископа Тамбовского и Шацкого. При вступлении на кафедру особое внимание обратил на нравственное состояние и уклад жизни духовенства, применял к клирикам как строгие наказания, так и средства увещевания, часто прибегал к штрафам, выделив часть из них на обеспечение вдов и сирот. Стремясь повысить уровень образования среди духовных лиц, первый в Тамбове ввёл обязательное обучение для всех детей духовного сословия, открыл Темниковское (1814 г.), Елатомское (1815 г.), Шацкое, Тамбовское, Липецкое, Лебедянское духовные училища. По благословению Ионы воспитанник Шацкого училища Дмитрий Конобеевский переменил фамилию на Гумилёвский; впоследствии Черниговский  архиепископ Филарет (Гумилёвский). Во время Отечественной войны 1812 г. Иона активно проповедовал и поддерживал создание народного ополчения. Так, 25 июля 1812 г. на заседании Тамбовского Дворянского собрания рассматривался вопрос о создании ополчения, Иона в полном архиерейском облачении вошёл в зал и обратился к дворянству и купечеству с краткой речью, призвав «ополчиться единодушно и сокрушить скрежещущего врага». Иона первым в открытой для пожертвований книге «подписал» 3 тыс. руб. на создание ополчения. Этот поступок епископа, по словам очевидца, «побудил все состояния к похвальному соревнованию». В день Бородинской битвы, 8 сентября 1812 г., Иона вместе с Дмитровским  епископом Августином (Виноградским) молился в Успенском соборе Московского Кремля, а затем совершил крестный ход вокруг Китай-города с чудотворной Смоленской иконой Божьей Матери. В 1813 г. одним из первых Тамбовских архиереев Иона осуществил длительную поездку с целью обозрения епархии. 3–5 сентября 1817 г. встречал в Тамбове великого князя Михаила Павловича, подарил ему список Казанской иконы Божьей Матери.