Священство здесь было представлено архимандритом Иоанникием и протоиереем (имя исследователям неизвестно), служившими в церкви в Соук-Су (ныне Лыхны), «ни в чьей не состоящими зависимости» и просившими Иону принять их «в своё ведомство». По совету А.П. Ермолова Иона ввёл их в подчинение архиереев Мегрелии, поскольку она наиболее близка территориально Абхазии. В начале 1830 гг. вопрос о назначении в Абхазию архиерея поставил абхазский князь Михаил Шарвашидзе; помимо религиозных соображений он привёл также политические. По его мнению, христианизация населения значительно снизит связь жителей Абхазии с черкесами-мусульманами, «производящими вредные действия в его владении». Трудности в христианской проповеди встретились и в случае с этнографическими группами грузин. Так, 21 февраля 1829 г. Иона писал гражданскому губернатору Тифлиса Петру Демьяновичу Завилейскому, что хевсуры и пшавы часто возвращаются к исконным языческим обычаям: совершают браки и погребают «по идолопоклонническим обрядам…, отнимая друг у друга жён, производят ссоры и кровопролитие». В Пшав-Хевсурети (Тионетский уезд, Северная Грузия) была отправлена Исполнительная экспедиция верховного грузиснского правительства, о результатах которой И.Ф. Паскевич писал Ионе спустя два года: «Они (хевсуры и пшавы), живя в недоступных местах, одни из горских народов постоянно преданы нашему правительству..., они не в наше время отступили от наших обрядов богослужения, но мы застали их в теперешнем положении суеверия». Сравнивая их с мусульманами, которых «с благодушным великодушием терпит» правительство, хотя они и «незаблудшие, подобно пшаво-хевсурам христиане», И.Ф. Паскевич предложил обращение их «предоставить времени». 13 апреля 1829 г. по представлению генерала А.П. Ермолова император Николай I подписал указ об учреждении на Кавказе Общества миссионеров как наиболее перспективного в деле просвещения горцев. Экзарх понял, что наилучшими проповедниками оказались простые священники, не обладавшие глубокими познаниями, но имевшие богатый опыт общения с людьми; по его предложению миссионерами назначали представителей грузинского духовенства, «простых и необразованных науками, но кротких, благочестивых и терпение стяжавших». Проповедь велась также среди грузин (джарцев, ингилойцев), селившихся в Саингило (Джаро-Белоканы, позже Закатальский округ Тифлисской губернии; ныне на территории Азербайджана) и утративших православие в связи с вхождением этих территорий в состав Ирана, а также среди лезгинских племён. Так, Иона в письме И.А. Вельяминову от 12 августа 1822 г. сообщал, что из Каха к нему прибыла делегация джарцев с просьбой окрестить их в Тифлисе. В июле Иона направил в Саингило миссию под руководством князя Шермазана Абхазова, встретившую сопротивление местных мусульманских властей. Однако в 1830 г., с вхождением этих территорий в состав Российской империи, стала возможна беспрепятственная проповедь не только среди ингилойцев, но и среди лезгинских племён. В 1829–1831 гг. с успехом шла проповедь среди мусульман Ахалцихского пашалыка (Южная Грузия), благочинным протоиереем Иосифом Орбелиани было обращено свыше 800 человек.