В 1970 г. на юге СССР были отмечены случаи холеры, в связи с чем в музее должна была пройти проверка санитарной инспекции. В ожидании её комендант Казанского собора распорядилась закопать мощи Иоасафа в сыром подвале. Однако рабочие не решились сделать это и зарыли останки в шлаке чердачного перекрытия собора в надежде, что они лучше сохранятся. Спустя 20 лет один из рабочих, прятавших тело, А.В. Соколов, сообщил об этом представителям РПЦ. 28 февраля 1991 г. мощи были обретены. Специальная комиссия из представителей духовенства Ленинграда, Курска и Белгорода провела идентификацию. С 28 февраля по 10 августа 1991 г. мощи хранились в Преображенском соборе Ленинграда. 11 августа они были доставлены в Москву, где до 3 сентября находились в Богоявленском соборе в Елохове. 16 сентября гробница с мощами прибыла в Белгород. Всенощное бдение в тот день и Божественную литургию 17 сентября в Преображенском кафедральном соборе возглавил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. В 2010 г. мощи Иоасафа находились в Преображенском соборе, рака располагалась справа от южных дверей иконостаса. Резная сень над ракой выполнена резчиком И.В. Олейником. С 1998 г. в Белгородской и Старооскольской епархии поддерживается традиция в праздник Преображения Господня после совершения Божественной литургии торжественным крестным ходом переносить мощи Иоасафа из Преображенского собора в Николо-Иоасафовский собор, где они пребывают до 16 сентября, когда крестным ходом переносятся обратно. Во имя Иоасафа в Белгородской епархии освящены престолы нескольких храмов, часовни, открыты духовно-просветительские центры его имени, действует Белгородская областная клиническая больница Иоасафа. 2 ноября 2001 г. был открыт и освящён памятник Иоасафу, установленный первоначально перед зданием Белгородской духовной семинарией (авторы памятника скульптор Анатолий Александрович Шишков и воспитанник семинарии А. Колесников), в 2004 г. перенесён в сквер Свято-Троицкого бульвара в Белгороде. С 2003 г. в Белгороде ежегодно проводится Международная научно-практическая конференция «Иоасафовские чтения», в которой участвуют представители государственной власти, священнослужители, учёные, деятели культуры, учащиеся. В мае-июне 2009 г. археологической экспедицией Белгородского государственного университета под руководством Владимира Александровича Сарапулкина были проведены раскопки на территории, где располагался Троицкий собор, уничтоженный в 1920–1930 гг. Обнаружены остатки фундамента собора, и выявлена усыпальница («пещерка») Иоасафа, в которой почивали его мощи до 1911 г. В ходе работ было расчищено подвальное помещение, выстроенное из красного кирпича. По проекту, подготовленному белгородскими архитекторами и утверждённому Белгородским архиепископом Иоанном (Поповым), на месте упокоения Иоасафа планируются возведение часовни, и воссоздание обстановки, которая была при жизни святителя.