Историк Никифор Григора сообщает, что многое из награбленного солдатами в столице прямо направлялось в казну Андроника III. Иоанн Кантакузин был единственным, кто воздержался от поношений старого императора и его сторонников. В конце 1320 – 1330 гг. на ключевых государственных постах находились люди из окружения Иоанна Кантакузина. Финансами руководил Алексей Апокавк, занявший пост месадзона; до 1330 г. эпархом (градоначальником) Константинополя был Феодор Синадин, затем этот пост также перешёл Апокавку. Позднее Апокавк стал также командующим флотом. Но поскольку Андроник III с Иоанном Кантакузином часто отсутствовали в столице, то реальная исполнительная власть оказалась именно в руках Апокавка, который вёл текущие дела совместно с императрицей Анной и Феодорой Кантакузиной. Иоанн Кантакузин сосредоточился на военной и дипломатической деятельности и был первым, хотя и не единственным советником императора. В своей «Истории» Иоанн Кантакузин изображает себя главным организатором военно-политических предприятий византийцев этого периода, что, естественно, надо принимать с осторожностью, т.к. у императора были и другие советники. В июне 1329 г. император Андроник III и Иоанн Кантакузин предприняли поход в Малую Азию на помощь осаждённой османским эмиром Орханом I Никее. Несмотря на ряд побед, поход закончился катастрофой в битве у Филокрине, где Андроник III был тяжело ранен, а Иоанн Кантакузин едва избежал смерти, отступая с остатками армии. Никея сдалась османам 2 марта 1331 г. Последствия гражданской войны проявились в том, что сторонники Андроника II не привели свои войска на помощь, когда узнали о ранении Андроника III. В конце 1329 г. византийцы успешно отвоевали у генуэзцев остров Хиос, генуэзская Фокея признала сюзеренитет Константинополя, а Лесбос удалось отстоять от нападения латинян. В 1330 г., после разгрома сербами коалиции монголов и болгар, Андроник III под предлогом мести за изгнание своей сестры Феодоры (жены погибшего болгарского царя Михаила III Шишмана) из Тырнова объявил войну Болгарии, захватив болгарские опорные пункты на границе с византийской Фракией, а также порты Анхиал и Месемврию; по мирному договору в Русокастро в 1332 г. захваты были узаконены. В 1330 г., во время тяжёлой болезни, Андроник III завещал власть императрице Анне Савойской, ожидавшей ребёнка, при регентстве Иоанна Кантакузина, что фактически могло устранить династию Палеологов от власти, т.к. было неизвестно, какого пола будет ребёнок. Тогда же Феодор Дука Синадин (после Иоанна Кантакузина второе по влиянию лицо в империи), опасаясь мятежа сторонников Палеологов, заточил Андроника II в монастырь, чтобы не допустить его возвращения на престол. Там Андроник II скончался 13 февраля 1332 г.