В Гурийском княжестве оставалась вдовствующая Шемокмедская епархия и действующая Джуматская, которую до кончины в 1827 г. возглавлял митрополит Николай (Шервашидзе). В 1833 г. Джуматская и Шемокмедская епархии были присоединены к Имеретинской, в 1844 г. Джуматская была восстановлена под названием «Гурийская», первым её епископом стал Евфимий (Цулукидзе; управлял до 1853 г.; ум. 4 апреля 1856 г.). В начале XIX в. территории Абхазского княжества, где до турецкой оккупации существовали Бичвинтская (Пицундская), Моквская и Драндская епархии, в церковном отношении были присоединены сначала к Цагерской, а затем к Чкондидской епархии, пока в 1851 г. с вхождением этих территорий в состав России не была образована Абхазская епархия. Экзарх Иона (Василевский) переустроил и улучшил преподавание в Тифлисской духовной семинарии. На благоустройство и украшение существовавших храмов и постройку новых он много жертвовал из личных средств. Известно, что с особой любовью он относился к церковным богослужениям: за десять лет пребывания в Грузии не пропустил ни одной службы. 12 марта 1832 г. экзарха Иону сменил епископ Саратовский Моисей (Богданов-Платонов; ум. 13 июля 1834 г.), который оставил о себе память как о кротком, мягком, радушном и общительном архипастыре. 1 сентября 1834 г. в сан архиепископа с назначением экзархом Грузии был возведён епископ Минский и Гродненский Евгений (Бажанов). 12 ноября 1843 г. на экзаршем посту его сменил архиепископ Могилёвский Исидор (Никольский). При нём политика Грузинского экзархата, следовавшая либеральному государственному курсу, была плодотворной и отличалась миролюбием. В 1852–1857 гг. на средства, полученные от секуляризации церковных земель, были восстановлены Мцхетский, Алавердский, Кватахевский и Марткопский монастыри, в 1857 г. при женском монастыре Самтавро в Мцхете основано училаще для девочек. По указанию экзарха Исидора грузинский историк Платон Игнатьевич Иоселиани привёз с Афона грузинские рукописи. 1 марта 1858 г. архиепископ Исидор получил разрешение Святейшего Синода на выпуск журнала «Духовный вестник Грузии», но первый номер появился в 1864 г., уже после перемещения архиепископа на Киевскую и Галицкую кафедру. Служение архиепископа Исидора в Грузии считается наиболее плодотворным периодом его пастырской деятельности. С глубокой древности грузинское духовенство занималось проповедью христианства среди горцев, несмотря на то что условия для миссии в окружении иноверцев были тяжёлыми. По мере продвижения России на Кавказ обстановка для миссионерства постепенно улучшалась. В 1745 г. на базе Осетинской миссии, основанной в начале XVIII в. стараниями Иоанна (Саакадзе) Манглисского, была образована Осетинская духовная комиссия (ОДК). Наиболее известным миссионером этого периода был епископ Моздокский и Маджарский Гаий (Такаов; Гайоз Ректор), посвятивший себя делу просвещения Осетии и составивший на основе кириллицы осетинский алфавит. В 1798 г. он выпустил на церковнославянском и осетинском языках катехизис «Начальное учение человекам, хотящим учиться книг Божественного Писания». Указом Святейшего Синода от 15 сентября 1815 г. ОДК после 25-летнего бездействия была возобновлена, и её возглавил архиепископ Алавердский и Телавский Досифей (Пицхелаури).