Генерал А.П. Тормасов предложил назначить католикосу Антонию II с учётом его доходов в Грузии пенсию 6 тыс. руб. серебром, если он пожелает остаться в России. Проект предусматривал перевод всех церковных дворян, крестьян и их земельных владений в казенное ведомство. В Тифлисе предлагалось открыть духовную гимназию на 60 человек с назначением содержания из грузинских церковных доходов в размере 3400 руб. ежегодно. Как подготовительные учебные заведения для поступления в Тбилисскую гимназию должны были открыться девять уездных училищ в Картли и Кахети с содержанием 3800 руб. серебром ежегодно. Было предусмотрено выделение ежегодных сумм для поддержания вдов и сирот священнослужителей. Во избежание финансовых злоупотреблений все церковные доходы и расходы должны были контролироваться дикастерией. 21 июня 1811 г. Синод практически без изменений передал на утверждение императору проект Варлаама-Тормасова об образовании Грузинского экзархата, и 30 июня того же года император Александр I подписал его. Эту дату принято считать днём официального упразднения автокефалии ГПЦ и учреждения Грузинского экзархата. Первым экзархом Грузии с титулом митрополита Мцхетского и Карталинского и главой дикастерии стал Варлаам (Эристави). Фактически все церковные преобразования этого периода связаны с его именем. Дикастерия как орган церковного управления просуществовала недолго: указом императора Александра I от 30 августа 1814 г. вместо неё была учреждена Грузино-Имеретинская синодальная контора, открытие которой состоялось в Тифлисе 8 мая 1815 г. Тем же указом Алавердско-Кахетинская епархия была переименована в Телавскую и Грузино-Кавказскую, и её управляющим был назначен епископ Горийский Досифей (Пицхелаури; до 14 мая 1817 г.; ум. 19 ноября 1830 г.). 17 октября 1814 г. Святейший Синод постановил, что в Восточной Грузии после учреждения синодальной конторы «быть 3 епархиям: Карталинской, Осетинской и Сигнахской; первая принадлежит экзарху с титлом митрополита Мцхетскаго, Тифлисскаго и Карталинскаго; вторая – архиепископу Телавскому и Грузино-Кавказскому; а третья – Преосвященному Иоанну, бывшему Алавердскому, котораго именовать впредь Сигнахским и Кизикским». 30 августа 1814 г. на должность викария Грузинского, который должен был именоваться епископом Горийским, вместо переведенного на Телавскую и Грузино-Кавказскую кафедру архиепископа Досифея был назначен епископ Цилканский Гервасий (Мачавариани; ум. 5 февраля 1817 г.). В конце каждого года синодальная контора предоставляла в Святейший Синод отчёт о проделанной работе, количестве решённых и нерешённых, с указанием причин, дел. Всем членам и чиновникам синодальной конторы было назначено жалованье: экзарху, председателю конторы, – 5 тыс. руб.; архиепископу Телавскому и Грузино-Кавказскому – 3 тыс.; архиепископу Сигнахскому и Кизикскому – 2,5 тыс.; епископу Горийскому, викарию Грузинскому, – 1,5 тыс.; прокурору – 1 тыс.; трём стряпчим – по 250 руб. каждому; двум секретарям – по 400 руб. каждому. Одной из главных задач церковного переустройства в Грузии стала секуляризация церковного имущества и коммутация церковных налогов, что официально мотивировалось стремлением освободить духовенство от «тяжёлой ноши» управления хозяйством, поскольку это «отвлекает его от основных обязанностей».