Секуляризация прошла в три этапа: все церковные дворяне и крестьяне с их землями были введены в казённое ведомство (1811–1841 гг.); всё недвижимое церковное имущество было переведено в казённое ведомство (1843–1852 гг.); все населённые и ненаселённые церковные земли, пастбища, леса и другие угодья были окончательно переданы государству (1853–1869 гг.). В 1818 г. натуральный налог был заменён денежным, что в значительной мере ухудшило экономическое положение церковных крестьян, но существенно увеличило доходы Грузинского экзархата. Экзарх Феофилакт (Русанов) в своём донесении в Святейший Синод отмечал, что «церковные доходы за 1819 г. удвоены и в будущем ещё более возрастут, но сейчас нельзя более «натягивать струны». Возблагодарим Бога за это удвоение, которого никто не ожидал». В 1814 г. экзарху Варлааму Эристави было поручено провести в Имерети (Западная Грузия) те же административные и хозяйственные меры, какие были осуществлены в Картли и Кахети. Однако он не сумел добиться подобных результатов, что стало одной из причин его отстранения от управления Грузинским экзархатом и перевода в Санкт-Петербург. Указом императора от 14 мая 1817 г. экзарх Варлаам Эристави и архиепископ Досифей были уволены. 14 мая 1817 г. экзархом Грузии и Имерети был назначен архиепископ Рязанский и Зарайский Феофилакт (Русанов; с 1 февраля 1819 г. – митрополит; ум. 19 июля 1821 г.). После архиепископа Варлаама Эристави на пост грузинского экзарха назначались только русские по происхождению архиереи. Источники характеризуют экзарха Феофилакта как хорошего администратора, энергичного, образованного, решительного, но своенравного человека. В послании на имя протоиерея тифлисского Сиони Иосифа Палавандишвили от 9 ноября 1817 г. экзарх предписал совершать богослужения на церковнославянском языке не только по воскресным и праздничным дням, но и по вторникам, пятницам и субботам, а в оставшиеся дни – на грузинском языке. Впоследствии грузинский язык был почти полностью вытеснен из тифлисских храмов. Экзарх создал специальную комиссию, которая должна была свести воедино все имевшиеся сведения о церковных и монастырских имениях Грузии. К началу XIX в. Абхазский (Западногрузинский) католикосат официально не был упразднён. После отъезда в 1789 г. с дипломатической миссией из Имерети в Россию последнего Абхазского католикоса Максима II (Абашидзе) церковью в Западной Грузии управлял местоблюститель католикоса Кутаисский митрополит Досифей (Церетели). С присоединением некоторых областей Западной Грузии к России епархии, расположенные на этой территории, с 1814 г. номинально были подвластны Грузино-Имеретинской синодальной конторе. К этому времени в Западной Грузии существовало десять епархий (Кутаисская, Гелатская, Хонская, Никорцминдская, Цагерская, Цаишская, Чкондидская, Бедийская, Шемокмедская, Джуматская), четыре из которых было в Имерети. По сведениям Никорцминдского архиепископа Софрония (Цулукидзе), в Имерети было 15 монастырей и 618 действующих церквей, и, как и раньше в Восточной Грузии, монастыри и церкви владели землями, пастбищами, виноградниками, садами и прочими угодьями.