Кроме президента и вице-президента в состав дикастерии должны были войти секретарь, переводчик и необходимое количество писцов (все люди духовного звания) по выбору местного духовенства. Создание дикастерии затянулось. В ноябре 1809 г. Святейший Синод пригласил католикоса-патриарха Антония II в Россию для обсуждения грузинских церковных проблем на месте, поскольку решение вопросов посредством переписки затягивало процесс. Антоний II принял приглашение, однако оттягивал поездку в Санкт-Петербург, объясняя это плохим состоянием здоровья; таким образом, только через год после получения приглашения он выехал в Россию. Временное управление ГПЦ было поручено архиепископу Варлааму (Эристави), и генерал А.П. Тормасов вновь поставил вопрос о скорейшем учреждении дикастерии. Через месяц после отъезда из Грузии католикоса-патриарха, в декабре 1810 г., А.П. Тормасов писал архиепископу Варлааму Эристави о том, что обер-прокурор Синода, обращая внимание на то, что Синод не имеет влияния на грузинские церковные дела и не располагает точными сведениями о грузинском духовенстве, поручил ему проконсультироваться с архиепископом Варлаамом и представить «мнение о том, в каком виде и на каком основании устроить управление грузинским духовенством, так чтобы оно было в зависимости от Святейшего Синода». После этого архиепископу Варлааму Эристави было поручено составление проекта об устройстве ГПЦ и учреждении дикастерии, что означало фактическое упразднение автокефального статуса ГПЦ. Задача усложнялась отсутствием точных сведений о количестве церквей и священнослужителей ГПЦ, размерах доходов епархий, церквей и монастырей, что, по определению архиепископа Варлаама Эристави, было вызвано тем, что епархиальные архиереи «никому никакого отчёта не дают... кроме Католикоса». Однако архиепископ Варлаам Эристави довольно быстро собрал необходимые сведения и представил их генералу А.П. Тормасову, который 18 февраля 1811 г. доложил об этом обер-прокурору Синода князю А.Н. Голицыну. В списке, приложенном А.П. Тормасовым к рапорту, значилось, что в Восточной Грузии 799 церквей, семь архиереев, 746 священников, 75 монашествующих, девять архимандритов, 146 диаконов и 661 церковнослужитель. 13 епархий Восточной Грузии архиепископ Варлаам Эристави предлагал преобразовать в две: Мцхетско-Карталинскую в Картли и Алавердско-Кахетинскую в Кахети, а из девяти монастырей оставить только пять; членами дикастерии избрать не архиереев, а архимандритов и протоиереев, а во главе дикастерии поставить правящего архиерея Восточной Грузии, который должен называться «митрополитом Мцхетским и Карталинским и экзархом Синодским над Грузиею, подобно высочайшеутвержденнаго для Молдавии и Валахии учреждения, и быть ему под ведомством Святейшаго Синода». В том же рапорте, касаясь персоны католикоса-патриарха Антония II, генерал А.П. Тормасов отмечал, что «...не можно ожидать, чтобы католикос Антоний привёл с должною деятельностью в порядок дела здешнего края, относящиеся к духовенству, как по причине слабости здоровья, так ещё более по привычке распоряжаться всем самопроизвольно, к чему, по здешним обычаям, даёт ему право происхождение его из царской фамилии, так как он сын царя Ираклия… А поэтому полезным нахожу, – продолжал он, – назначить экзархом Грузии и митрополитом Мцхетским и Карталинским архиепископа Варлаама, как члена Синода, сведущего о порядках духовного правления, с которым он (Антоний II) познакомился, будучи в России. Кахетинским и Алавердским же правящим архиереем назначить митрополита Бодбийско-Сигнахского Иоанна (Бодбели) (Макашвили), достойнейшего из всех прочих».