4 марта 1820 г. отряд В. Пузыревского вошёл в Кутаиси, начальник корпусного штаба генерал-лейтенант И.А. Вельяминов арестовал митрополитов и некоторых имеретинских князей. В ту же ночь арестованные были вывезены в Восточную Грузию и оттуда должны были быть отправлены в Россию. По дороге, недалеко от селения Сурами, митрополит Досифей скончался. Главнокомандующий Грузией генерал А.П. Ермолов объявил населению, что церковная реорганизация «осуществляется по воле императора, исполнять которую надлежит неукоснительно». Однако волнения разгорались. Генерал А.П. Ермолов в «Записках» указывает, что их активными участниками стали духовенство, «родственники вывезенных митрополитов..., многие из дворян..., а главнейший виновник всех беспорядков, некто князь Абашидзе, подкрепив… мятежников несколькими сотнями жителей Ахалцыхского пашалыка, заставил провозглашать себя царём имеретинским. Мать его…, имевшая большие связи, много ему способствовала. Отыскался и один царевич, которого правительство не удалило в Россию… Все недовольные соединились, явились повсюду шайки вооружённого народа, прервалось сообщение с Грузиею. Мингрелия, одна некоторое время пребывавшая спокойною, последовала наконец общему движению». В середине апреля полковник В. Пузыревский был застрелен гурийцами, которых, как на то указывает генерал А.П. Ермолов, нанял Кайхосро Гуриели, дядя гурийского князя, «человек, явно приверженный туркам». Только к концу лета 1820 г. властям удалось подавить волнения. В Имерети, Раче и Гурии были разрушены почти все крепости, сожжены сотни домов, убито, ранено и схвачено множество участников волнений. 19 июля 1821 г., при обозрении епархии, в Бодбийском монастыре скончался экзарх Феофилакт. 1 октября 1821 г. на экзарший престол был назначен архиепископ Астраханский и Кавказский Иона (Василевский; с 22 августа 1828 г. – митрополит; до 5 марта 1832 г.). При нём было завершено церковно-административное преобразование в Имерети, Мегрелии и Гурии. После волнений 1820 г. правительство стало с большей осторожностью относиться к церковному реформированию Западной Грузии: административная реформа была проведена уже через год, а секуляризация церковного имущества в Западной Грузии растянулась на десятилетия. По указу императора Александра I от 19 ноября 1821 г. в Имерети была оставлена одна епархия, Имеретинская, управление которой было поручено архиепископу Никорцминдскому Софронию (Цулукидзе; ум. в 1842 г.); 7 августа 1843 г. Имеретинскую кафедру возглавил митрополит Мингрельский Давид (Церетели; до 18 января 1853 г.). В Мегрелии к 1820 гг. существовало четыре епархии: Цагерская, Цаишская, Чкондидская и вдовствующая Бедийская. После кончины в 1823 г. епископов Цагерского Иоанна и Цаишского Григория (Чиковани) обе епархии были присоединены к Чкондидской, которая с 23 июня 1829 г. стала называться Мингрельской. До кончины в 1828 г. этой епархией управлял митрополит Виссарион (Дадиани), после него кафедру занимали митрополит Никорцминдский Давид (Церетели; 30 мая 1829 г. – 9 июня 1834 г.), епископ Георгий (Кухалашвили; 19 мая 1835 г. – 2 апреля 1842 г.) и епископ Антоний (Дадиани; 14 февраля 1843 г. – 9 декабря 1852 г.).