Также католикос предоставил некоторые сведения о земельных владениях епископов. В 1802 г. преемник К.Ф. Кнорринга генерал Павел Дмитриевич Цицианов более активно, а порой и бесцеремонно вмешивался в церковные дела. Так, в 1803 г., когда патриарх Антоний II вместо ушедшего на покой митрополита Цилканского Иоанна (фамилия исследователям неизвестна) поручил управление епархией архимандриту Досифею (Пицхелаури), генерал П.Д. Цицианов 2 апреля отправил католикосу-патриарху резкое письмо: «К крайнему удивлению моему слышал я (чему хотя и верить не могу), что Ваше Святейшество изволили Цилканскую епархию перепоручить архимандриту Досифею..., в то время как Вы уведомлены, что священная есть воля Е(го) И(мператорского) В(еличества) не умножать в Грузии высоких в духовенстве званий, и мною Вам словесно было уже объявлено, что упразднившиеся епархии должны быть присоединяемы к ближайшим...». В том же письме П.Д. Цицианов предупредил патриарха, что уведомит императора «о непорядках в здешних духовных делах». Российская государственная политика была направлена на упразднение грузинской церковной независимости и полное подчинение ГПЦ Святейшему Синоду РПЦ. Поскольку единовременно упразднить грузинские епархии было невозможно, было решено постепенно соединять их с соседними после смерти или ухода на покой правившего архиерея. 29 мая 1804 г. генерал П.Д. Цицианов в рапорте на высочайшее имя докладывал, что, придерживаясь этого правила, во время его «пребывания в Грузии, в Карталинии (Картли) упразднено три епархии и осталось три», хотя, как ему «кажется, достаточно в Карталинии иметь одну епархию». В июле 1808 г. указом императора Александра I грузинское духовенство было освобождено от крепостного права, что соответствовало положению духовенства в Российской империи, как привилегированного сословия. В приказе от 7 июля 1808 г. на имя главноуправляющего Грузией генерала Ивана Васильевича Гудовича император писал: «Узнав, что многие священники и диаконы присвоены тамошними князьями и дворянами в крепость, и находя такое положение вещей ни с законами Российской империи не согласными, ни сану духовному, столь много мною уважаемому, неприличным – Я повелеваю принять навсегда общим в Грузии правилом, что состояние духовное не только от крепости, но и от всех податей и повинностей в отношении к помещикам свободно». Активные действия по переустройству ГПЦ в Восточной Грузии, которые привели к упразднению автокефалии и учреждению Грузинского экзархата, были предприняты главноуправляющим Грузией генералом Александром Петровичем Тормасовым. В рапорте на имя обер-прокурора Святейшего Синода князя Александра Николаевича Голицына от 6 июня 1809 г. он писал, что в Грузии необходимо создать духовную дикастерию на тех же началах и с теми же функциями, с какими действовали в России духовные консистории. А.П. Тормасов предлагал во главе дикастерии поставить католикоса-патриарха Антония II «во уважение царскаго рода и всеобщаго к нему в Грузии почтения». На пост заместителя главы дикастерии он предложил кандидатуру архиепископа Ахтальского Варлаама (Эристави), который, как и католикос-патриарх, являлся членом Святейшего Синода РПЦ, хорошо владел русским языком и был близко знаком с российским церковным управлением.