Заняв Иерусалим, султан Салах-ад-Дин не стал разрушать храм, но закрыл его на время. Он заменил латинский клир греческим; перестроил входы, сократив доступ в храм паломников (закрыл восточный портал главного входа, вход через «капеллу франков»; западный вход с улицы Патриархов на галерею ротонды); уменьшил высоту колокольни (и, как полагают исследователи, снял колокола). В дальнейшем здание, несмотря на значительные пожертвования (например, в 1555 г. папы Юлия III и императора Карла V с разрешения султана Сулеймана), приходило в упадок. От нижних уровней была переложена эдикула; в новом стиле, близком к оттоманскому барокко, перестроили часовню Ангела, свод погребальной камеры, внешние стены и купол. Коптская часовня была уничтожена греками, но по повелению султана восстановлена к 1818 г. В 1868 г. переделан купол ротонды и закрыт его окулос. В первой половине ХХ в. храм находился в плохом состоянии, которое усугубили землетрясение (1927 г.) и пожары (1937; 1948–1949 гг., в первую Израильско-арабскую войну пострадал также от снаряда израильской армии, и погибла часть свинцовой кровли). В марте 1947 г. инженеры правительства британского мандата укрепили эдикулу, стянув её снаружи стальной арматурой. После пожара 1949 г. правительство Иордании договорилось с представителями трёх христианских конфессий (Греческой православной, Римско-католической и Армянской), контролировавших святыню, о необходимости проведения реставрации и раскопок. В 1952 г. была созвана первая из предварительных трёхсторонних комиссий по выработке проекта ремонта храма. В 1960 г. начались археологические работы, с 1968 по 1980 гг. – восстановительные. После завершения основного объёма ремонтных работ, в 1977 г., приступили к реконструкции купола, который представляет собой систему стальных арок, скрытых тонким слоем армированного бетона, снаружи – свинцовое покрытие; окулос застеклён. Название «храм Гроба Господня», ставшее общепринятым в описаниях Иерусалима, является западноевропейским по происхождению (от лат. sepulcrum – могила, гробница). Православные греки и арабы и ныне называют храм первоначальным его именем «Анастасис» – «Воскресение». С точки зрения церковной юрисдикции храм находится в совместном владении и под совместным управлением нескольких христианских конфессий. Во избежание недоразумений заинтересованные стороны в распределении собственности и порядке служб соблюдают исторически сложившийся status quo, определяемый хатт-и-шерифом 1757 г., подтверждённым фирманами 1852 и 1858 гг. Правовые, имущественные и территориальные границы, закреплённые за каждой из конфессий, строго оговорены (ни одна икона, ни одна лампада не могут быть добавлены или убраны без общего согласия). «Стражами и хранителями дверей храма» является с 1246 г. мусульманское семейство Нусейбе. Православная Иерусалимская церковь помимо совместных прав на Кувуклию (литургию на Гробе Господнем в строго определённой последовательности совершают в 1 час ночи православные, в 4 часа утра – армяне, затем – католики) внутри храма владеет верхним ярусом галерей ротонды, соборной церкви Воскресения (кафоликоном), северным приделом Голгофы, приделами Богородицы Скорбящей и Уз Христовых в северных аркадах, cв. Лонгина Сотника и Тернового венца в амбулатории за алтарём кафоликона, подземной часовней Обретения Креста (совместно с католиками) и приделом Адамовой главы под Голгофой.