«Теология» святителя Феофила выдержана преимущественно в апофатических тонах. Одна из начальных глав его произведения очень характерна в этом плане, где апологет говорит следующее: «Вид Бога неизречён, невыразим и не может быть зрим плотскими очами, ибо по славе Своей Он – безграничен, по величию – непостижим, по высоте – необъятен умом (человеческим), по мощи – несравним, по мудрости – не имеет Себе равных, по благости – неподражаем, по благотворениям (Своим) – невыразим. Ибо если я называю Его «Светом», то высказываюсь (лишь) о том, что Он производит (о Его «деле, произведении, действии»); если называю «Словом», то говорю о Его начале; называю Его «Умом», говорю о Его разумении; называю Его «Духом», говорю о Его дыхании; называю Его «Премудростью», говорю о Его порождении; называю Его «Крепостью», говорю о Его силе; называю его «Силой», говорю о Его действии; называю Его «Промыслом», говорю о Его благости; называю Его «Царством», говорю о Его славе; называю Его «Господом», говорю о Нём как о Судне; называю Его «Судиёй», говорю о Нём как о праведном; называю Его «Отцом», говорю о Нём всё». В данном отрывке из произведения Феофила прослеживается основная мысль: средствами человеческого языка трудно и почти невозможно выразить тайну Бога, поскольку мышление человека, будучи мышлением тварного и конечного существа, не в силах объять бесконечного Творца. Поэтому Феофил, как и многие греческие отцы церкви, предпочитает «формулы апофатического богословия». Он стремится идти «путём отрицаний», т.е. старается «познать Бога не в том, что Он есть (т.е. не в соответствии с нашим тварным опытом), а в том, что Он не есть». Вследствие этого в произведении Феофила часто встречаются такого рода «отрицательные суждения»:  Бог – безначален, потому что нерождён; Он – неизменяем, потому что бессмертен и т.д. Впрочем, нельзя сказать, что «путь утверждений» абсолютно чужд апологету: Бог не только является Творцом всего, Он также питает и оживотворяет всё, всем управляет и обо всём промышляет. И Он для того «привёл всё из небытия в бытие, дабы через дела (Его) познавалось и постигалось величие Его». Таким образом, согласно Феофилу, для человека существует возможность определённого познания Бога, хотя бы и частичного. Однако непременным условием данного Боговедения служит внутренняя (духовная и нравственная) чистота человека. В уста язычника Автолика апологет вкладывает такие слова, обращённые к христианину: «Покажи мне твоего Бога». В ответ Автолик получает следующее требование: «Покажи мне (сначала) твоего человека, и я покажу моего Бога». Далее это требование разъясняется: «Покажи, что очи твоей души видят, а уши сердца твоего слышат», поскольку Бог «зрится лишь могущими видеть Его, то есть теми, у которых отверзнуты очи души». Ибо если эти очи омрачены грехами и лукавыми деяниями, то человек не способен зреть Бога, как не может слепой видеть солнечного света. Поэтому душа, согласно Феофилу, должна быть чистой, как «блестящее зеркало»; ведь если «зеркало души» покрыто ржавчиной греха (в древности зеркала обычно делались из металла), то человек не может видеть Бога.