11 августа в Свято-Екатерининском соборе Краснодара состоялось наречение, 14 августа – хиротония архимандрита Сергия (Костина) во епископа Новороссийского, викария Краснодарской епархии, хиротонию возглавил патриарх Русской церкви. 25 апреля 1956 г. архиепископ Борис был назначен на Херсонскую и Одесскую кафедру, временное управление Краснодарской епархией в течение месяца осуществлял Новороссийский епископ Сергий. 31 мая 1956 г. архиепископом Кубанским и Краснодарским был назначен Виктор (Святин; с 20 июня 1961 г. – митрополит), управлявший епархией до кончины 18 августа 1966 г. Он много внимания уделял ремонту и украшению церквей и молитвенных домов, организации уставного богослужения, устройству церковных хоров, установлению всенародного пения молитв за богослужением, правильной постановке проповеднической деятельности духовенства, рассылал по епархии соответствующие циркулярные указания. Во второй половине 1950 гг. совершал объезды епархии, в частности, в 1959 г. посетил 17 приходов. Отмечал случаи конфликтов между настоятелями и исполнительными органами общин в управлении церковным хозяйством и призывал идти по пути «коллективного управления приходами, как это предусматривается “Положением об управлении Русской Православной Церкви”». К 1 января 1960 г. в епархии действовали 202 общины (использовавшие 43 храма и 159 молитвенных домов), в девяти храмах и молитвенных домах богослужения совершались ежедневно. В 1959 г. с регистрации были сняты одна церковь и два молитвенных дома, у церковных общин было изъято шесть молитвенных зданий. В 1958 г. уполномоченному поступили заявления от верующих об открытии 12 молитвенных домов, в 1959 г. – заявления об открытии лвух молитвенных домов. Уполномоченный сделал вывод о прекращении в 1959 г. движения в крае за открытие молитвенных домов, хотя свыше 2 тыс. населённых пунктов не имели молитвенных зданий. К 1 января 1960 г. в Краснодарской епархии служили 207 священников, 15 дьяконов и 66 псаломщиков. В 1958–1959 гг. число священнослужителей в епархии уменьшилось на 27 человек, около 70% клириков были старше 55 лет. Уполномоченный препятствовал приёму в епархию духовенства из других епархий и рукоположениям в священный сан лиц из местного населения. Клир мог пополняться только за счёт выпускников духовных школ, которых не хватало для приходов епархии. В частности, в 1959 г. в Краснодарскую епархию прибыли два выпускника духовных учебных заведений: Ленинградской и Ставропольской семинарий, в то время как заявка была подана епархией на 16 человек. В 1959 г. 20 приходов не имели священников. Уполномоченный Совета по делам религий жёстко требовал от архиепископа Виктора закрытия «маломощных приходов», перевода приходов в разряд приписных, запрещал совершать хиротонии лиц из местного населения, ограничивал деятельность духовенства по ремонту и благоустройству молитвенных зданий. В 1958 г. ужесточился контроль за уплатой духовенством налогов (доходы священнослужителей облагались налогом в соответствии со ст. 18 Указа Верховного Совета СССР от 30 апреля 1943 г. «О подоходном налоге с населения» как «доходы от частного предпринимательства», ставка такого обложения составляла 81% от месячного дохода). Озабоченность уполномоченных вызывал широко распространённый в епархии кубанский обычай устраивать после богослужений общественные трапезы, на которых в праздничные дни могли присутствовать 400 и более человек.