Уполномоченный потребовал от архиепископа Виктора издать циркулярное письмо о запрещении общественных обедов, за их организацию священнослужителей снимали с регистрации. Священнослужители епархии в конце 1950 гг. отмечали ослабление церковной жизни, распространение безверия как следствие антирелигиозной пропаганды. В епархии неуклонно снижалось число совершённых треб. По данным епархиального управления, в 1957 г. были совершены 21 847 крещений, 1428 венчаний, 7400 отпеваний, в 1958 г. – 20 222 крещения, 1419 венчаний, 7194 отпевания, в 1959 г. – 19 784 крещения, 1112 венчаний, 7195 отпеваний. На время управления епархией митрополитом Виктором пришёлся новый этап ужесточения гонений на церковь. 13 января 1960 г. ЦК КПСС принял постановление «О мерах по ликвидации нарушений духовенством советского законодательства о культах», 16 марта 1962 г. Совет министров СССР принял постановление «Об усилении контроля за выполнением советского законодательства о культах». В Краснодарском крае регулярно проводились совещания партийных и советских работников «по вопросам усиления контроля за деятельностью церковников», активизировалась антирелигиозная пропаганда, разрабатывалась противопоставленная церковной советская обрядность (в частности, «обряд современной молодёжной свадьбы», в 1962 г. в Краснодаре было совершено около 80 таких свадеб). В 1962 г. была закрыта 31 община, духовенство переведено на фиксированные оклады, установлен жёсткий контроль за совершением треб, прекратилось исполнение их в домах верующих. В 1959–1962 гг. число общин в епархии уменьшилось на 46% (в 1959 г. – 202 общины, в 1960 г. – 172, в 1961 г. – 140, в 1962 г. – 109 общин); число священнослужителей уменьшилось на 41% (в 1959 г. – 222 человека, в 1960 г. – 197, в 1961 г. – 162, в 1962 г. – 131 человек); затраты на ремонт молитвенных зданий уменьшились на 56% (в 1959 г. – 123 100 руб., в 1960 г. – 112 709, в 1961 г. – 58 039, в 1962 г. – 53 678 руб.). В эти годы закрывались преимущественно сельские общины. Были снесены Георгиевская церковь в станице Казанской, Александро-Невский собор и Вознесенская церковь в Майкопе, церкви в станицах Терновской и Калининской. К концу 1960 гг. в крае сохранилось 18 храмовых зданий, в которых совершались богослужения, остальные приходы имели молитвенные дома. Уполномоченному поступало большое число заявлений от верующих о возобновлении богослужения в закрытых молитвенных зданиях, о направлении в приходы духовенства. Всем просителям было отказано, многие были привлечены к судебной ответственности. К 1 января 1963 г. в епархии числилось 109 церквей и молитвенных домов, в 30 общинах не было священнослужителей. Епархия была разделена на шесть благочиннических округов. Клир епархии составляли 131 священнослужитель и 66 псаломщиков. За 1962 г. число священнослужителей сократилось на 31 человека, из них уполномоченным были сняты с регистрации 28 священнослужителей. В 1962 г. была совершена одна хиротония. Несмотря на сокращение количества общин и численности духовенства, количество треб в конце 1950 – начале 1960 гг. возросло: в 1962 г. были совершены 29 892 крещения, 311 венчаний, 13 356 отпеваний. Митрополит Виктор тяжело переживал процесс наступления на церковь и говорил, что «наш долг честно служить Церкви в дни её тяжёлых испытаний».