В 1940–1950 гг. в Краснодарском крае продолжали почитаться св. источники: Параскевы Пятницы («Девятая пятница», близ станицы Некрасовской Усть-Лабинского района), Святая Рука (в Грушевой балке, близ станицы Неберджаевской Крымского района), пророка Илии (близ станицы Куринской Нефтегорского района, ныне Апшеронский район). У источника Параскевы Пятницы много верующих собиралось в девятую пятницу после Пасхи. К роднику Святая Рука паломничество было особенно активным в праздники апостолов Петра и Павла, на память пророка Илии и на Успение Пресвятой Богородицы. Источник пользовался особым почитанием у греков, составлявших 80% паломников. Часовня у родника была сломана по приказу уполномоченного в конце 1950 г. У источника пророка Илии проходили всенощные бдения и служились молебны на память пророка Илии. Зачастую у св. источников совершали богослужения незарегистрированные священнослужители и странствующие монахи. В результате ряда акций, проведённых уполномоченным Совета по делам РПЦ по Краснодарскому краю, паломничество к св. источникам к середине 1950 гг. существенно уменьшилось. Уполномоченный в отчёте о религиозной жизни в крае отметил четыре случая обновления икон в домах православных в 1950 г. 15 апреля 1954 г. архиепископ Ермоген (Кожин) был командирован в США, вскоре назначен митрополитом Алеутским и Североамериканским. Кубанско-Краснодарская епархия перешла под временное управление Курского епископ Иннокентия (Зельницкого). Епископ Иннокентий, молитвенник и ревнитель уставного богослужения, получил от патриарха Алексия благословение на борьбу с последствиями господства в крае обновленчества, на устроение правильной богослужебной жизни и укрепление церковности. За короткое время пребывания на Краснодарской кафедре архиерей посетил несколько приходов. Уполномоченный Совета по делам РПЦ по Краснодарскому краю в отчёте писал об активизации проповеднической деятельности духовенства в 1954 г., об усилении работ по украшению церквей и молитвенных домов, об организации церковных хоров. Чиновник отметил возросшее в 1954 г. по сравнению с предыдущим годом число заявлений верующих о ремонте молитвенных зданий и сделал вывод об упрочении финансового положения религиозных общин. В отчёте отмечен существенный рост числа крещений по сравнению с 1953 г. Уполномоченный пишет о частом совершении треб в епархии незарегистрированными священнослужителями. В 1954 г. получили церковные награды 94 епархиальных клирика (74 человека – от правящего архиерея, 20 человек – от патриарха). В 1954 г. было подано 14 заявлений об открытии молитвенных домов, все они были отклонены. 11 ноября 1954 г. временное управление Краснодарской епархией было возложено на Алеутского и Североамериканского архиепископа Бориса (Вика), который стремился следовать линии архиепископа Ермогена (Кожина); архиепископ Борис объездов епархии не совершал. К 1 января 1955 г. в Кубанско-Краснодарской епархии действовали 208 общин (использовавших 44 храма и 164 молитвенных дома), в предыдущем году были сняты с регистрации три молитвенных дома. В епархии служили 217 священников, 15 дьяконов. 182 священнослужителя были старше 55 лет, меньше половины (46%) окончили какую-либо духовную школу, 62% священнослужителей имели низшее образование. С 11 по 15 августа 1955 г. впервые в истории епархии её посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий I, побывавший в Краснодаре.