На время образования Кубанской епархии в ней действовало 500 храмов, включая домовые церкви. Первым самостоятельным Кубанским и Екатеринодарским епископом стал Иоанн (Левицкий), бывший Кубанский викарий. В конце 1919 – начале 1920 гг. решением ВВЦУ ЮВР епископ Иоанн был удалён на покой в связи с допущенными церковно-правовыми нарушениями, временное управление епархией было возложено на председателя ВВЦУ ЮВР митрополита Антония (Храповицкого). В начале 1920 г. Красная Армия предприняла на Кубани широкомасштабное наступление, 17 марта части Белой Армии оставили Екатеринодар, к началу мая советская власть была установлена на всей территории края. К сентябрю 1921 г. во главе Кубанской епархии вновь стоял епископ Иоанн (Левицкий). Об этом исследователям известно из письма секретаря канцелярии Священного Синода Николая Васильевича Нумерова митрополиту Антонию (Храповицкому): «Е(пископом) Кубанским и Краснодарским восстановлен е(пископ) Иоанн, удалённый с этой кафедры Вр(еменным) в(ысшим) церк(овным) правлением. За него шла большая агитация на Кубани, было несколько депутаций к П(атриар)ху. Последний сначала упирался, но вынужден был уступить. Теперь бомбардируют просьбами о возведении его в сан архиепископа». В конце 1921 – начале 1922 гг. Иоанн (Левицкий) был возведён в сан архиепископа. В письме Н.В. Нумерова сообщается о наличии двух викариатств Кубанской епархии – Ейского (вакантного) и Армавирского, состоявшего под управлением миссионера и духовного писателя протоиерея Симеона Никольского. 2 марта 1922 г. постановлением Кубано-Черноморского облисполкома на Кубани была образована областная комиссия по изъятию церковных ценностей. В комиссию были допущены с правом совещательного голоса представители епархиального управления (протоиерей Феодор Делавериди, один из проводников обновленчества в епархии) и мирян. В епархии имели место случаи противодействия изъятию. Ярким примером тому стали события в Ейске в мае 1922 г., где епископ Евсевий (Рождественский) во время изъятия ценностей из Михаило-Архангельского собора отдал распоряжение бить в набат, что послужило сигналом для прихожан; произошли столкновения верующих с органами власти, подавленные военной силой. 4 января 1923 г. архиерей был арестован, показательный 23-дневный судебный процесс над епископом Евсевием и ещё 19 обвиняемыми, получивший название «кубанская тихоновщина», стал одним из более 200 процессов по поводу сопротивления изъятию в масштабах всей страны. Евсевий был приговорён к лишению свободы со строгой изоляцией на семь лет. По данным П. Макаренко, в Краснодарской епархии в связи с изъятием ценностей было расстреляно 69 человек. С начала 1920 гг. на Кубани стало набирать силу обновленчество, в 1922 г. к расколу присоединились архиепископ Иоанн и члены Кубанского епархиального совета. К 1923 г. почти все церкви Краснодара были захвачены обновленцами, Патриаршая церковь сохранила приходы в Армавирском и Майкопском отделах, но уже в 1924 г. большинство армавирских храмов стали обновленческими. На Кубани осталось 113 патриарших церквей, 440 обновленческих, 289 представителей Патриаршего духовенства, 1116 обновленцев. Несмотря на быстрый захват обновленцами храмов, раскольники не имели авторитета среди верующих. В справке уполномоченного ГПУ по Славянскому отделу Кубано-Черноморской области от 25 января 1923 г. отмечалось, что «среди населения некоторых станиц уже известно о происходящем церковном перевороте и организации «Живой церкви». Крестьянство не сочувствует в большинстве обновленческому движению, выражает своё мнение за старое богослужение, настроено против перевода Евангелия на русский язык».