Архиереи: Иоанн (Левицкий; май – конец 1919 г. или начало 1920 г., 1921 г. – середина 1922 г., с конца 1921 г. или начала 1922 г. – архиепископ), Киевский и Галицкий митрополит Антоний (Храповицкий; 1920 г., временно управляющий), епископ Иннокентий (Летяев; 15 октября 1923 г. – 1 октября 1927 г., сначала временно управлял Краснодарской кафедрой как Ставропольский и Кавказский епископ, 20 августа 1926 г. назначен Краснодарским архиереем), архиепископ Феофил (Богоявленский; 1927 г. – 25 января 1933 г., возведён в сан архиепископа в 1930 г., раньше 3 июня), епископ Феодосий (Ващинский; апрель 1933 г., в епархию не приезжал), епископ Памфил (Лясковский; 11 августа 1933 г. – 23 января 1936 г.), епископ Софроний (Арефьев; февраль 1936 г. – 22 июня 1937 г.), епископ Никодим (Гонтаренко; 31 августа 1942 г. – начало 1943 г.), епископ Фотий (Топиро; 25 июля 1943 г. – 28 декабря 1944 г.), епископ Флавиан (Иванов; 8 января 1945 г. – 19 октября 1949 г.), архиепископ Ермоген (Кожин; 19 октября 1949 г. – 15 апреля 1954 г.), Курский епископ Иннокентий (Зельницкий; апрель – 11 ноября 1954 г., в. у.), Алеутский и Североамериканский архиеп. Борис (Вик; 11 нояб. 1954 - 25 апр. 1956, в. у.), Новороссийский еп. Сергий (Костин; 25 апр.- 31 мая 1956, временно управляющий), митрополит Виктор (Святин; 31 мая 1956 г. – 18 августа 1966 г., с 20 июня 1961 г. – в сане митрополита), Ставропольский и Бакинский архиепископ Михаил (Чуб; 19 августа – 8 октября 1966 г., временно управляющий), архиепископ Алексий (Коноплёв; 8 октября 1966 г. – 19 апреля 1978 г.), архиепископ Ермоген (Орехов; 10 апреля 1978 г. – 27 января 1980 г.), Ставропольский и Бакинский епископ Антоний (Завгородний; 27 января – 24 апреля 1980 г., временно управляющий), архиепископ Владимир (Котляров; 24 апреля 1980 г. – 12 мая 1987 г.), митрополит Исидор (Кириченко; с 12 мая 1987 г., 10 апреля 1989 г. возведён в сан архиепископа, 22 февраля 2005 г. – в сан митрополита). Действующие монастыри: Марие-Магдалининский (женский, в станице Роговской Тимашёвского района, основан в 1848 г., закрыт после 1920 г., возобновлён в 1994 г.), Свято-Духов (мужской, в городе Тимашёвске, основан в 1992 г.), Успенский (женский, в городе Кореновске, основан в 1992 г.), Крестовая пустынь (мужская, в селе Солохаул, Сочи, основана в 2000 г.), Троице-Георгиевский (женски, в селе Лесном, Сочи, основан в 1999 г.), в честь иконы Пресвятой Богородицы «Нерушимая Стена» (женский, в Апшеронске, основан в 2002 г.), в честь иконы Божьей Матери «Всецарица» (женский, в Краснодаре, основан в 2005 г.). Упразднённые монастыри: Черноморская войсковая Екатерино-Лебяжская пустынь во имя Николая Чудотворца (в посёлке Лебяжий Остров Брюховецкого района, основана в 1794 г., закрыта после 1920 г.), кавказский миссионерский во имя святителя Николая (мужской, в станице Кавказской (центр современного Кавказского района), основан в 1897 г., закрыт после 1920 г.), в честь Покрова Пресвятой Богородицы (женский, близ станицы Динской (современный Динский район), основана в 1899 г. как община, преобразованная в монастырь в 1904 г., закрыта после 1920 г.), Свято-Троицкий (мужской, современное село Монастырь Адлерского района, Сочи, основан в 1902 г., закрыт после 1920 г.), в честь Казанской иконы Пресвятой Богородицы (мужской, близ станицы Васюринской Динского района, основан в 1910 г., закрыт после 1920 г.), Иверско-Алексеевская община (женская, в современном селе Кирпичном Туапсинского района, основана в 1913 г., закрыта после 1920 г.), Покровский скит Александро-Афонского Зеленчукского монастыря (мужской, в станице Гулькевичи (ныне город), основан в начале XX в., закрыт после 1920 г.). Решением Священного Синода от 12 марта 2013 г. из состава епархии выделены Армавирская, Ейская, Новороссийская и Тихорецкая епархии. Екатеринодарская епархия включена в состав Кубанской митрополии.