В первые месяцы епископ Памфил из-за отсутствия регистрации не мог совершать богослужения и молился в алтаре придела Свято-Георгиевского храма. 23 января 1936 г. архиерей был найден повешенным, в официальном заключении причиной смерти было названо самоубийство, но уже преемник епископа Памфила на кафедре епископ Софроний (Арефьев) был уверен в насильственной смерти своего предшественника. Последний предвоенный Краснодарский епископ Софроний управлял епархией с февраля 1936 г. до ареста 22 июня 1937 г. К 1939 г. в крае действовали пять православных храмов, значительная часть храмов епархии в 1922–1939 гг. была уничтожена, в том числе церковь в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы в посёлке Пашковском (ныне в черте Краснодара), Воскресенская церковь в городе Приморско-Ахтарске, собор во имя архангела Михаила в Ейске, Покровский храм в станице Старощербиновской. С августа 1942 г. по февраль 1943 г. Краснодарский край был оккупирован немецкими войсками. Оккупационные власти способствовали открытию церквей, богослужение возобновилось в сотне православных и в 92 обновленческих храмах. В это время помимо обновленческого «епископа» Владимира Иванова в Краснодаре находился православный епископ Никодим (Гонтаренко), бывший насельник Почаевской в честь Успения Пресвятой Богородицы лавры, поставленный на Краснодарскую кафедру 31 августа 1942 г. митрополитом Алексием (Громадским), главой автономной Украинской православной церкви. Перед освобождением Краснодара Советской Армией епископ Никодим вернулся в Почаевскую лавру. 15 июля 1943 г. распоряжением Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского) в Краснодарскую епархию был командирован протоиерей московской Николо-Кузнецкой церкви Александр Смирнов «для ознакомления с состоянием в ней церковных дел и для возможной организации там благочиннических советов и временного епархиального управления впредь до прибытия в Краснодар архиерея по назначению от Патриархии». Учитывая сильные позиции обновленчества в крае, митрополит Сергий предписал протоиерею Александру: «(Священнослужителям), запятнавшим себя общением с неправославными, Вы предложите подать на моё имя заявления о желании быть в общении с нами и о раскаянии в совершённом грехе отступления от Церкви». Определением Священного Синода от 24 июля 1943 г. епископом Кубанским и Краснодарским был назначен Фотий (Топиро). На следующий день состоялась его хиротония, и епископ Фотий получил предписание уехать в Краснодар, протоиерей Александр Смирнов был командирован сопровождать нового епископа и «быть ему помощником по ознакомлении с состоянием епархии и по организации в ней епархиального управления». Епископ Фотий управлял Кубанско-Краснодарской епархией до 28 декабря 1944 г. Несмотря на назначение епископа Фотия, обновленчество в Краснодарском крае сохраняло свои позиции, Краснодарская епархия имела наибольшее число приходов и духовенства по сравнению с другими обновленческими кафедрами. 1 апреля 1944 г. в крае действовали 86 обновленческих церквей, в них служили 87 священников, три дьякона и 38 псаломщиков, к концу 1944 г. в Краснодарской обновленческой епархии насчитывалось 87 приходов, 96 священников, четыре дьякона, 43 псаломщика.