Крупными были приходы в Краснодаре (Ильинская и Свято-Троицкая церкви), Тихорецке, Майкопе, Анапе, Темрюке, станицах Лабинской, Усть-Лабинской, Медведовской, Приморско-Ахтарской, Елизаветинской, Пашковской, Марьяновской, Славянской, Новониколаевской. 23 сентября 1944 г. обновленческий «епископ Краснодарский» Владимир Иванов докладывал уполномоченному Совета по делам РПЦ о вкладе его епархии в дело победы: о переводах денег, заготовке продуктов для госпиталей и др. Исследователи полагают, что авторитет Владимира Иванова среди верующих на Кубани был больше, нежели авторитет недавно назначенного православного епископа Фотия (Топиро). 22 ноября 1944 г. Владимир Иванов обратился к Патриаршему Местоблюстителю митрополиту Алексию (Симанскому) с просьбой принять его в лоно РПЦ, 27 декабря в патриархию было направлено письмо от духовенства Краснодарской епархии с покаянием и просьбой принять епархию вместе с архипастырем в каноническое общение. 28 декабря 1944 г. Синод принял постановление о принятии Владимира Иванова из раскола в сане священника и о назначении его епископом Краснодарским и Кубанским по пострижении в монашество с именем Флавиан. Епископская хиротония состоялась 8 января 1945 г. Епископ Флавиан управлял Краснодарской епархией до 19 октября 1949 г., когда был перемещён на Орловскую и Брянскую кафедру. 19 октября 1949 г. архиепископом Кубанским и Краснодарским был назначен Ермоген (Кожин), бывший обновленческий «митрополит Ставропольский и Северокавказский» Василий, 1 февраля 1945 г. присоединившийся к православной церкви, в ноябре того же года принявший монашество и 18 февраля следующего года хиротонисанный во епископа Казанского и Чистопольского. Согласно отчёту уполномоченного Совета по делам РПЦ по Краснодарскому краю, к 1 января 1950 г. в крае действовали 227 приходов (использовавших 79 храмов и 148 молитвенных домов). В епархии служили 247 священников и 14 дьяконов, из них 194 человека были старше 55 лет; в 1948 г. не было совершено ни одной хиротонии. К концу 1950 г. в епархии служили 224 священника, 15 дьяконов, 33 псаломщика. Особенностью административной манеры епископа Ермогена были частые перемещения священнослужителей: за 1950 г. было произведено 110 перемещений внутри епархии, объездов епархии архиерей не совершал. Наступление государства на церковь в крае в послевоенные годы осуществлялось, в первую очередь, через изъятие церковных зданий у приходов, не имевших постоянных священников. В 1949 г. с регистрации было снято восемь общин, пользовавшихся двумя храмами и шестью молитвенными домами, в одном районе края не было действующих молитвенных зданий. Часть общин, лишённых молитвенных зданий, не снималась с регистрации, верующие стремились арендовать и покупать частные дома, которые приспосабливали для совершения богослужений. В 1949 г. уполномоченному Совета по делам РПЦ по Краснодарскому краю поступило четыре ходатайства от верующих об открытии храмов или молитвенных домов, все они были отклонены. В 1950 г. было закрыто 11 церквей. В том же году уполномоченному поступило девять ходатайств о регистрации православных общин, об открытии или о возобновлении прежде закрытых молитвенных домов, всем просителям было отказано. В 1950 г. общины приобрели в собственность 14 зданий, к тому времени 92 прихода имели собственные молитвенные здания.