В феврале 1994 г. Кубанская и Краснодарская епархия была разделена на две епархии – Краснодарско-Новороссийскую и Майкопско-Армавирскую, граница прошла по трассе «Дон». В Краснодарской епархии осталось 130 приходов. В 2001 г. Екатеринодарская и Кубанская епархия обрела прежние границы, кроме общин на территории Адыгеи, составивших Майкопскую и Адыгейскую епархию. В настоящее время действуют следующие отделы управления Екатеринодарской и Кубанской епархией: религиозного образования и катехизации, миссионерский, благотворительности и социального служения, по взаимодействию с Вооружёнными Силами, по взаимодействию со средствами массовой информации, по взаимодействию с Главным управлением Федеральной службы исполнения наказаний, по взаимодействию с Главным управлением внутренних дел, по взаимодействию с Главным управлением МЧС России, по взаимодействию с органами исполнительной и законодательной власти, архитектурный, по делам молодёжи, по канонизации святых на Кубани, издательский. В епархии идёт активное храмоздательство: восстанавливаются разрушенные церкви, строятся новые. В 1990–1997 гг. были восстановлены: Свято-Троицкий и Свято-Ильинский храмы в Краснодаре, Вознесенский в Геленджике, Свято-Онуфриевский в Анапе, Свято-Троицкий в станице Старонижестеблиевской, в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» в станице Ивановской. Завершено строительство храмов: во имя архангела Михаила в городе Темрюке, во имя апостола Иоанна Богослова в станице Кущёвской, Рождества Пресвятой Богородицы в Выселках. Символом возрождения церковной жизни в крае стал войсковой собор во имя великого князя Александра Невского, возведённый на новом месте к 2006 г. взамен храма, взорванного в 1932 г. Рядом с собором установлен поклонный крест в память основателей города. На месте, где раньше стоял Александро-Невский собор, построен храм-часовня с приделом во имя Царственных мучеников. 24 мая, в день памяти равноапостольных Кирилла и Мефодия, из всех храмов Краснодара совершается крестный ход к собору во имя князя Александра Невского. Во второй половине 1990 гг. в Краснодаре было воздвигнуто несколько храмов во имя св. воинов: храм-часовня во имя князя Димитрия Донского, церковь во имя Илии Муромца, которого на Кубани почитают как «старого казака», церковь во имя мученика Иоанна Воина в Авиагородке. Сооружены также храмы: Рождества Христова (1992–1998 гг.), Покрова Пресвятой Богородицы (1992 г.), во имя Николая Чудотворца в посёлке Курортном (Краснодар; 1997 г.), в честь иконы Божьей Матери «Всецарица» при краевом онкологическом диспансере (начало 2000 гг.), восстанавливается храм в честь иконы Божьей Матери «Спорительница хлебов». В 1990 гг. – начале 2000 гг. был основан ряд монастырей: тимашёвский в честь Сошествия Святого Духа на апостолов, мужской (1992 г.), кореновский в честь Успения Пресвятой Богородицы, женский (1992 г.), сочинский во имя Святой Троицы и великомученика Георгия, женский, в селе Лесном, Сочи (1999 г.), Крестовая пустынь в честь Воздвижения Креста Господня, мужской, в селе Солохаул, Сочи (2000 г.), иконы Божьей Матери «Нерушимая стена», женский, в Апшеронске (2002 г.), краснодарский в честь иконы Божьей Матери «Всецарица», женский (2005 г.), возобновилась монашеская жизнь в женском монастыре равноапостольной Мариии Магдалины в станице Роговской Тимашёвского района (1994 г.).