Хотя он включает в число 80 ересей пять дохристианских культур – варварство, скифство, эллинизм, иудаизм и самарянство, и даже называет их «матерями ересей», однако, вероятно, употребляет это понятие в нейтральном смысле «религиозного состояния человечества». Основное внимание Епифаний Кипрский сосредотачивает на тех ересях, которые возникли после пришествия Христа. Он полагает, что хотя они и называются «домашними», однако в действительности суть «незаконнорожденные дети», родившиеся от «смешанных браков», и «злые враги» церкви, ибо «не принадлежат к истинной вере апостолов Господних». Все так называемые христианские ереси хотя и не совсем чужды Завета и наследия Христова, но не получили «приданого от Слова» и не приняли «гостеприимства Духа Святого»; они сами отделились от церкви и имеют «только имя Христово, но не веру» Его. По определению Епифания Кипрского, всякая ересь есть «зловерие», которое «хуже неверия», поскольку от неверия можно исцелиться, приняв истинную веру, а зловерие неисправимо. Ереси утратили истину, уклонившись «направо или налево» от «царского пути», которым шествует церковь, и блуждают «по бездорожью заблуждения». Происходят они, с одной стороны, от излишнего любопытства в богопознании – попыток проникнуть в «глубины Божии» без опытного просвящения Святым Духом и преступая границы «апостольской веры и учения апостолов». С другой стороны, ереси возникают из злоупотребления языческой философией и учёностью, ярким примером чему могут служить оригенизм и арианство. Существенную роль в происхождении ересей, которые Епифаний Кипрский называет вратами ада, тщетно пытающимися одолеть церковь Христову, играет сам «отец лжи» – дьявол. Поэтому «всякая ересь вводит в заблуждение, не приняв Духа Святого по Преданию отцов во святой кафолической Церкви Божией». От ересей Епифаний Кипрский отличает расколы: раскольники – это те, кто по каким-либо разногласиям с церковными властями отделились от церкви, но имеют «не чуждую веру», т.е. не искажают истинную веру церкви (как, например, мелитианский раскол в Египте или раскол авдиан в Месопотамии). Однако расколы приводят к разделениям в церкви и вражде между её членами, тем самым нарушая церковный порядок и разрывая церковное единство, являющееся неотъемлемым свойством истинной церкви. Согласно Епифанию Кипрскому, «церковный порядок», или «образ существования Церкви», был изначально определён пророками, апостолами и евангелистами. Благодаря этому в единой церкви Божьей при множестве различных людей, служений и образов жизни сохраняется удивительное согласие и единодушие, подобно тому как многочисленные части корабля, сделанные из разных брёвен, строго подогнаны друг к другу и образуют один корабль. Из различных церковных служений и образов жизни он упоминает девство, монашество, воздержание, вдовство, брак (первый и второй, после смерти супруга), священство, чтецов, диаконисс, экзорцистов, переводчиков, похоронщиков, привратников. Венцом всех степеней, их «матерью и родительницей» является «святое священство», состоящее из четырёх степеней: епископов, пресвитеров, диаконов и иподиаконов. По свидетельству Епифания Кипрского, из-за превосходящей чести священства в священные степени избираются люди, в первую очередь, из девственников или монашествующих и только во вторую очередь – из единобрачных, но воздерживающихся от жён или овдовевших после единобрачия; второбрачным же вступать в клир не дозволяется.