Тем не менее, он вызвал неоднозначную реакцию в католических и православных кругах, а некоторыми униатскими церквами (например, в Румынии) был принят откровенно враждебно. Униаты были недовольны тем, что документ отвергает унию как метод, тем самым отказывая униатским церквам в полноценном и законном существовании, что было воспринято ими как предательство со стороны Рима. Некоторые католики и православные усматривали в Баламандском документе экклезиологическое уравнивание православных и католической церквей, особенно неприемлемыми для них были утверждения Баламандского документа об «одних и тех же таинствах», в том числе о «едином таинстве Священства, приносящем единую Жертву Христову», которые могут привести к выводу, что таинства «Церквей-сестёр Востока и Запада», «совместно сохраняющих Церковь Божию», равноспасительны и полному евхаристическому общению мешают только «предрассудки и использование истории в политических целях». Эти утверждения трудно согласовать с позициями сторон, каждая из которых рассматривает свою церковь как универсальную и единственно истинную. В результате Баламандский документ вызвал долгие дискуссии и был отвергнут, в частности, Элладской православной церковью. В июле 2000 г. в Балтиморе (штат Мэриленд, США) на восьмом заседании Смешанной богословской комиссии по диалогу также обсуждалась униатская тема – «Экклезиологические и канонические следствия униатства». Православные участники отрицали само существование Восточных католических (униатских) церквей, поскольку считали невозможным сосуществование на одной территории церквей той же традиции, где присутствуют православные церкви. Католическая сторона высказала мнение, что Восточные католические церкви «самим своим существованием утверждают и являют принципы экклезиологии Церкви первого тысячелетия христианской истории, рассматривавшие единение с епископом Рима как необходимое для полноты церковного общения». Таким образом, серьёзный диалог по вопросу об униатских церквах возможен, с их точки зрения, лишь в контексте глубокого обсуждения вопроса о связи общения и первенства в церкви. Принципиально разные позиции православной и католической сторон не позволили участникам диалога принять совместный документ. Работа Смешанной комиссии была практически сорвана. Юбилейный Собор РПЦ (2000 г., Москва) принял специальное заявление по поводу дискуссии в Балтиморе, в котором призвал руководство Римско-католической церкви приложить все усилия к тому, чтобы ситуация изменилась в лучшую сторону не на словах, а на деле. Было отмечено, что несогласие в понимании униатской проблемы, с особенной остротой проявившееся на встрече Смешанной комиссии в Балтиморе 9–19 июля, является препятствием для дальнейшего продолжения диалога. Отношение к диалогу следует определить через консультации с поместными православными церквами. В сентябре 2005 г. в Стамбуле состоялось Всеправославное совещание, на котором было принято решение о необходимости продолжить работу православно-католической комиссии по диалогу.