В 1990 г. в Шамбези прошло третье заседание Смешанной комиссии, где обеими сторонами было принято второе заявление о том, что «обе семьи согласны, что Ипостась Слова стала «составной», соединившись в Его нетварной Божественной природе… с естественной волей и действием тварной человеческой природы, которую восприняла и усвоила при вочеловечении… Обе семьи согласны, что обе природы соединились... со своими действиями и волями неслитно, неизменно, нераздельно и неразлучно и что они различаются «умозрительно». Таким образом, древние Восточные церкви согласились с наличием двух природ во Христе. В то же время было подтверждено право каждой из сторон употреблять традиционную для них терминологию: «…восточные православные могут продолжать придерживаться своей традиционной Кирилловой терминологии об «одной природе воплотившегося Слова»». В заявлении также говорилось, что «обе семьи согласны, что желающей и действующей является всегда одна Ипостась воплотившегося Слова». Следовательно, утверждалось, что желающий (волящий) и действующий субъект только один, но замалчивался вопрос о двух волях (желаниях). Дохалкидониты согласились с православным толкованием определений IV–VII Вселенских соборов, хотя нигде не говорилось о том, что они признают сами Соборы как Вселенские. Завершается согласованное заявление предложением по взаимному снятию анафем. В ноябре 1993 г. на четвёртом заседании Смешанной комиссии в Шамбези «Предложения по снятию анафем» были приняты. Было решено, что «cнятие анафем должно быть произведено единогласно и одновременно предстоятелями всех церквей с обеих сторон через подписание соответствующего экклезиологического акта, содержание которого включало бы признание с каждой стороны, что та и другая являются православными во всех отношениях». Выработанные документы были представлены на рассмотрение и утверждение священноначалия поместных православных церквей и древних Восточных церквей, но в результате согласие с документами высказали только Константинопольский и Румынский патриархаты. В РПЦ изучение предложений Смешанной комиссии осуществлялось синодальной Богословской комиссией (1994–1997 гг.). По её рекомендации Архиерейский собор в 1997 г. постановил, что «заявление не должно рассматриваться как окончательный документ, достаточный для восстановления полного общения между православной церковью и древними Восточными церквами, т.к. содержит неясности в отдельных христологических формулировках. В связи с этим выразить надежду на то, что христологические формулировки будут и далее уточняться в ходе изучения вопросов литургического, пастырского и канонического характера, а также вопросов, относящихся к восстановлению церковного общения между двумя семьями церквей восточноправославной традиции». Поскольку результаты богословских собеседований с древними Восточными церквами не удовлетворили большинство православных и Восточных церквей, было решено возобновить работу Смешанной комиссии по диалогу. Первое заседание обновлённой комиссии состоялось в марте 2005 г. в Шамбези и было посвящено предварительному обсуждению тем и перспектив диалога. В 1961 г. первое Всеправославное совещание поставило вопрос и о взаимоотношениях с Римско-католической церковью.