Смешанная комиссия опубликовала документ «Вера, таинства и единство Церкви». Результатом пятого заседания комиссии, проходившего в 1988 г. в Нововалаамском монастыре (Финляндия) по теме «Таинство священства в таинственной структуре Церкви, в частности важность апостольского преемства для освящения и единства народа Божия», стало принятие документа с тем же названием. На рубеже 1980 и 1990 гг. отношения между православными и католической церквами осложнились из-за агрессивной деятельности греко-католической церкви на Украине. В феврале 1990 г. в Москве Координационный комитет начал работу над документом «Экклезиологические и канонические следствия священнотаинственной природы Церкви», подготовленным Смешанной комиссией. По настоянию православной стороны обсуждение этой темы было прекращено из-за актуальности проблемы униатства. В результате по инициативе РПЦ, поддержанной всеми поместными православными церквами, православно-католический диалог был приостановлен. В принятом постановлении говорилось, что его возобновление возможно только после совместного изучения проблемы унии и успешного её решения. В июне 1990 г. во Фрайзинге (ФРГ) участники шестого заседания Смешанной комиссии выступили с заявлением, в котором говорилось, что «уния как метод там, где она применялась, не служила целям сближения Церквей. Напротив, она вызвала новые разделения. Создавшееся, таким образом, положение явилось поводом для столкновений и несчастий, которые запечатлелись в исторической памяти обеих Церквей. Кроме того, и экклезиологические мотивы побуждают искать иных путей». В июне 1991 г. в Аричче (близ Рима) Координационным комитетом был выработан первый вариант совместного документа «Униатство как метод единения в прошлом и нынешний поиск полного общения», который стал основой так называемого Баламандского документа, принятого на седьмой встрече Смешанной комиссии, проходившей в июне 1993 г. в теологической школе Баламанда, близ Триполи (Ливан). Баламандский документ состоит из трёх частей: введения, экклезиологических принципов и практических правил. Во введении со ссылкой на тексты, принятые во Фрайзинге и в Аричче, указывается, что стороны отвергают унию «как метод поиска единства, поскольку он противоречит общей традиции наших Церквей». Часть документа, посвящённая экклезиологическим принципам, содержит анализ богословских доктрин, ставших источником прозелитизма и попыток введения унии как присоединения «отпавших» членов к церкви. Современное видение друг друга православными и католиками по Баламандскому документу базируется на понятии «Церковь-сестра». При этом подчёркивается, что, «твёрдо сохраняя неприкосновенную свободу личности и международное обязательство следовать свободе совести, в усилиях по восстановлению единства недопустимо стремление обращать людей из одной Церкви в другую ради их спасения». В связи с этим в документе упоминается о совместном заявлении папы Иоанна Павла II и Константинопольского патриарха Димитрия I, сделанном 7 декабря 1987 г., о неприятии любой формы прозелитизма и любой позиции, которая могла бы быть расценена как неуважение. Текст Баламандского документа был промежуточным рабочим для Смешанной комиссии по богословскому диалогу, поэтому он не подписывался представителями церквей.