Несколько икон большого размера помещено в комнате для собраний – это Деисус критского иконописца Евфросина (1542 г.): Христос, Богородица, Предтеча и апостолы Пётр и Павел. В монастыре Дионисия хранятся мощи многих святых. Главная реликвия – десница Иоанна Предтечи, «пришествие» которой в обитель (1800 г.) торжественно празднуется в четвёртое воскресенье Великого поста. Особую ценность имеют три мощевика: святителя Нифонта в виде храма, реликварий с миром великомученика Димитрия и ковчежец с правой рукой преподобной Матроны Хиосской, где находится также миниатюрная бумажная рукопись Псалтири, самая маленькая на Афоне (8х5,5 см). Мощевик патриарха Нифонта является даром валашского господаря Нягое Басараба. Он выполнен в виде точной копии 5-купольного храма во имя Николая Чудотворца, построенного этим правителем недалеко от Бухареста и бывшего тогда митрополией Тырговиште. Мощевик (вес около 20 кг, размеры 42х30х42 см) выполнен из золота, серебра и смальты и представляет собой уникальный образец трансильванского искусства. В нём находятся мощи святителя Нифонта, за исключением главы и правой руки, хранящихся в румынском монастыре Куртя-де-Арджеш. После кончины святителя в монастыре Дионисия его останки были отвезены в Валахию посланными Нягое, где от них происходило много исцелений. По заповеди явившегося ему во сне Нифонта Нягое вернул мощи в монастырь в роскошном мощевике, а взамен оставленной им у себя части его мощей даровал монастырю Дионисия честную главу Иоанна Предтечи в драгоценной раке. Глава была похищена пиратами в 1765 г., когда монахи везли её на подворье на острове Айос-Эфстратиос для водосвятия, а затем оказалась в главной мечети Дамаска (Сирия), где и находится в настоящее время. Это происшествие послужило поводом для строгого запрета на вывоз десницы Иоанна Предтечи за пределы монастыря Дионисия. В монастыре Дионисия хранятся три больших креста с фрагментами Животворящего Древа, частями багряницы и ризы Христа, частью честного пояса Пресвятой Богородицы, которая была получена в Ватопеде в обмен на палец Иоанна Предтечи, и частью ризы Богоматери. Из наиболее чтимых мощей в монастыре находятся: главы Акрагантского епископа Григория, императрицы Феофано, мучениц Фомаиды Александрийской, Кириакии Неокесарийской, мученика Меркурия (часть), Александрийского архиепископа Петра и Дионисиатского игумена Филофея (впоследствии митрополит Трапезундский; часть), апостола и евангелиста Луки, священномучеников Антипы, Власия, Елевферия, Модеста, святителей Иоанна Милостивого и Иоанна Колонийского, мученика Кирика Тарсийского, великомученика Пантелеимона, преподобной Параскевы; фрагмент вериг апостола Петра; нога мученика Кирика и нога мученика Трифона; нижняя челюсть первомученика Стефана. Чтимой реликвией является небольшой золотой кивот, украшенный жемчугом и кораллами, в котором хранится восковая масса, где, по преданию, хранятся частицы честной главы Иоанна Предтечи. Все мощи находятся в серебряных, позолоченных и резных ковчежцах и выставляются для поклонения в день памяти того или иного святого 97 раз в году.