Новый храм во имя Никодима Святогорца примыкает к помещению музея на втором этаже южного крыла. Вне стен обители находится храм Всех святых на монастырском кладбище, расписанный монахом Меркурием в 1627 г. на средства монаха Герасима из Дунайских княжеств. Судя по множеству икон Божьей Матери (Акафист из 24 сюжетов: Введение во храм, Иоаким и Анна, пророчествующие о Деве, изображение Богородицы с архангелами над входом и др.), исследователи делают вывод, что ранее этот храм был посвящён Ей. Иконостас новый, но выполнен по образцу старого и содержит некоторые древние иконы. Снаружи храма в стене есть ниша, где находится гроб патриарха Нифонта. Кроме того, обители принадлежит храм во имя великомученика Димитрия на пристани с фресками XVII в. Кафизма святителя Нифонта и св. Дионисиатских отцов с одноимённой церковью находится немного выше обители на той же скале, к ней ведёт лестница из 150 ступеней. В 1903 г. она полностью сгорела, восстановлена в 1908 г. Рядом с кафизмой находится пещера святителя Нифонта. Ещё одна кафизма, 12 апостолов, – на небольшой скале напротив монастыря на другой стороне потока. В храме есть росписи XVIII в. (школа иеромонаха Дионисия Фурноаграфиота) и XIX в. Кафизма апостола Иакова, брата Господня, – на дороге, ведущей вдоль потока к вершине Малого Афона. Она используется монахами для молитвенного уединения, раньше служила скрипторием. Вплоть до конца XIX в. там был также и храм Николая Чудотворца. К северо-западу от монастыря находится кафизма св. Онуфрия со ступенчатыми садами, к которой ведёт выложенная камнем извилистая тропа. Раньше на этом месте была келлия Друванисти. Немного выше её расположена кафизма Пресвятой Богородицы, напротив которой есть пещера, где подвизался преподобный Дионисий и видел огненный столп, возвышавшийся на месте нынешнего монастыря. С левой стороны дороги, поднимающейся в монастырь Дионисия, сохранилась часовня, построенная в воспоминание о чуде, когда Иоанн Предтеча остановил в этом месте пиратов и спас монастырь от разграбления. Здесь же была и торжественная встреча монахами патриарха Нифонта, после того как о ней было открыто игумену Иоанном Крестителем. Когда-то в этом месте разгружали ослов, не позволяя им приближаться к входу в монастырь. Монастырю принадлежат шесть келлий в Карее и недалеко от неё, из которых келлия св. Стефана служит конаком, три посвящены Пресвятой Богородице (Благовещения и Рождества в Карее и Введения у потока Пения), одна – Димитрию и одна – Николаю Чудотворцу. Монастырь располагает значительным собранием аналойных икон, имеющих большую церковную, историческую и культурную ценность. Кроме упомянутых икон кафоликона и других храмов много икон выставлено в примыкающем к музею-ризнице длинном и узком помещении, в конце которого находится храм во имя Никодима Святогорца. В иконостасе этого храма стоят царские врата XV в. и две иконы – Христа с архангелами (XV в.) и Богородицы Оранты эпохи Палеологов, остальные иконы размещены по стенам. Среди них исследователи отмечают двустороннюю икону с Иоанном Предтечей и императором Алексеем III Великим Комнином с одной стороны и четырьмя Трапезундскими святыми – с другой (XIV в.), две иконы «Распятие Христа» (XIV–XV вв.), ряд из 21 иконы первой половины XVI в., четыре изображения пустынных отцов (конец XVI в.), иконы начала XVII в., выполненные монахами Даниилом и Меркурием, и большое количество более поздних икон.