Представители зарождающейся экспериментальной науки (Френсис Бэкон, 1561–1626 гг.; Галилео Галилей, 1564–1642 гг.) отвергают методы аристотелевской физики. Их влияние становится определяющим в отношении философов и учёных к Аристотелю в течение последующих двух столетий. Однако Готфрид Вильгельм Лейбниц (1646–1716 гг.), учившийся в Лейпциге, где было сильным влияние аристотелизма, возвращается в своих метафизических рассуждениях к телеологизму как альтернативе атеистическо-механистическому восприятию мира. Его последователь Христиан Вольф (1679–1754 гг.), получивший прозвище «Аристотель Нового времени», использовал элементы аристотелевского учения, в частности в трактовке понятия «форма». Критический пафос философии И. Канта (1724–1804 гг.) не позволяет отнести его к представителям аристотелизма или иной, опиравшейся на авторитет, традиции. Однако в своём учении о рассудке он исходит из школьной, т.е. аристотелевской, схемы категорий сущего. Научное (филологическое) изучение наследия Аристотеля началось в XIX в. Важным этапом здесь стало первое полное академическое издание его текстов в 1831–1870 гг. И. Беккером. На занятие Аристотелем в первой половине XX в. наибольшее влияние оказало появление книг В. Йегера (1912, 1923 гг.), впервые специально разработавшего представление об эволюции философии Аристотеля от ортодоксального платонизма к естественнонаучному эмпиризму. Во второй половине XX в. получила распространение концепция И. Дюринга, согласно которой Аристотель ещё в Академии формулирует свои основные идеи и только в поздний период создаёт учение о сверхчувственном уме, что, впрочем, не мешает ему весьма продуктивно заниматься биологией. В философии ХХ в. неотомизм (Жак Маритен, Этьен Анри Жильсон) продолжил усилия, предпринятые Фомой Аквинским по достижению синтеза философии Аристотеля и христианской теологии. Потребность в практической, не оставляющей места избыточному теоретизированию этике естественным образом привела к проникновению идей Аристотеля в философию Макса Шелера и Николая Гартмана. Мартин Хайдеггер показал возможность «феноменологической» интерпретации метафизики Аристотеля, в частности, категориального учения о сущем, и тем самым инициировал новый всплеск интереса к аристотелевской философии. Учение Аристотеля оставалось в ХХ в. точкой отсчёта во многих областях знания. Аристотелевская силлогистика заняла место введения в любой курс современной «неклассической» логики. В теоретической биологии вместо прежнего решительного отказа от «статического» аристотелевского представления о видах животных в пользу «динамического» дарвиновского учения об эволюции развивалась тенденция рассматривать обе позиции как взаимодополняющие.