Альберт Великий пишет парафразы аристотелевских сочинений, в которых, следуя Авиценне, дополняет Аристотеля неоплатоническим учением. Фома Аквинский полагается, скорее, на толкование Аверроэса, однако старается при этом понять Аристотеля как можно более аутентично. Он видел в аристотелизме воплощение философской истины и пытался доказать её согласие с христианской верой. Исходя из аристотелевских основоположений, Фома Аквинский развивает собственное учение, синтезировавшее философию Стагирита с христианством. Томистскому синтезу противостояли, с одной стороны, позиция Бонавентуры, полагавшего, что для достижения достоверного знания необходимо Божественное озарение, а с другой – позиция Сигера Брабантского, учившего в духе Аверроэса о единстве разума во всех людях. Сигер признавал вечность мира и материи, отрицал Божественный промысл, разграничивал истину философскую и богословскую. К концу XIII в. возникает новая форма изложения мысли, «вопросы», сменившие «парафразы» и «комментарии». Это способствует вольным трактовкам аристотелевского учения. Единство сохраняется, в основном, благодаря влиянию школ. В них же аристотелизм укрывается во времена расцвета «via moderna», номинализма первой половины XV в., но затем «via antiqua» и особенно томизм вновь обретают популярность. Последнее обусловливает то, что главной для рецепции XVI в. становится проблема возможной «христианизации» Аристотеля. Мартин Лютер (1483–1546 гг.), получивший типичное схоластическое образование, включавшее к тому времени изучение всех важнейших аристотелевских сочинений, полагал философию Стагирита неприменимой для богословия и видел в этом одно из своих главных возражений томизму. В «Диспуте против схоластического богословия» (1517 г.) он ясно указывает на своё полное отрицание аристотелизма в богословии. Этот антиаристотелизм вытекал из неприятия М. Лютером средневековой доктрины пресуществления, основывавшейся на аристотелевском различии «свойства» и «акциденции», которая была принята четвёртым Латеранским собором (1215 г.). Задумывая реформу университета, М. Лютер оставлял в нём место лишь книгам по логике, риторике и поэтике Аристотеля. Однако педагогическое влияние Филиппа Меланхтона (1497–1560 гг.), который в свои поздние годы настолько увлёкся практической философией Аристотеля (экзегеза «Политики» – 1530 г., комментарий к сочинению «О душе» – 1540 г.), что сам называл себя homo peripateticus (перипатетиком), привело к тому, что вплоть до эпохи Просвещения протестантское образование, наука и богословие направлялись «меланхтоновым» аристотелизмом: эклектической смесью элементов учений Аристотеля, Платона и Цицерона. Часть философии Аристотеля первоначально оказывалась при этом вне круга интересов. Лишь богословская конкуренция со стороны поздней, или «второй», схоластики, виднейшим представителем которой был испанский иезуит Франсиско Суарес (1548–1617 гг.), использовавший в теологии заимствованное у Аристотеля категориальное рассмотрение проблемы бытия, привела к тому, что в XVII в. «Метафизика» была включена в учебные программы протестантских школ. В XVII в. постепенно теряет авторитет естественнонаучная часть учения Аристотеля.