О постоянном интересе к логике Аристотеля в Византии свидетельствуют маргиналии к сочинениям Никифора Влеммида с правилами запоминания фигур силлогизма; среди этих сочинений – учебник логики и физики, написанный в аристотелевском духе и имевший широкое распространение, а также трактат «О душе». Сочинения Аристотеля в этот период переиздаются, появляется «Сводка аристотелевской философии» Георгия Пахимера. Его современник монах Софония пишет парафразы «Категорий», «Первой аналитики», «Софистических опровержений», трактата «О душе». Михаил Оловол, преподававший с 1267 г. логику в основанной Михаилом VIII Палеологом Константинопольской школе, написал комментарии к первой книге «Первой аналитики» и перевёл сочинения Боэция о диалектике и гипотетическом силлогизме. Никита Хумн около 1315 г. издаёт трактат «О природе мира, первых и простых телах, материи и форме». Ему же принадлежит сочинение «Опровержение «О душе» Плотина» – очерк аристотелевской психологии, согласованной с учением о творении. Феодор Метохит в 1317 г. публикует «Начала астрономии» (парафраз Птолемеева «Альмагеста») и сводку физики Аристотеля (включая учение о душе, биологию и метеорологику). В 1439 г. Плифон пишет сочинение «Сравнение между Платоном и Аристотелем» (не в пользу Аристотеля), вызвавшее отклик Георгия Схолария «Опровержение возражений Плифона против Аристотеля». В сочинении «Сравнение философов Аристотеля и Платона» спор между учителем и учеником решал в пользу последнего Георгий Трапезундский, на что, в свою очередь, ответил кардинал Виссарион, призвавший ценить обоих философов в сочинении «Против хулителя Платона» (около 1458 г.), хотя и сам кардинал, и возрожденческая Италия, куда он перебрался, пока решительно предпочитали Платона и платоников. Ситуация меняется в Падуанском университете: Пьетро Помпонацци (1462–1525 гг.), ориентированный на греческие комментарии Аристотеля (Александра Афродисийского), одерживает верх над падуанскими аверроистами и обеспечивает возвращение к Аристотелю, ставшему предметом самостоятельного интереса у Чезальпино. В сочинении «О бессмертии души» (1516 г.) П. Помпонацци отвергал возможность рационального доказательства бессмертия души и в связи с этим психологию Ибн Рушда и Фомы Аквинского. Воспринимаемый через греков и по-гречески, гуманистически истолкованный Аристотель, которого Рафаэль в «Афинской школе» изобразил с «Этикой», оказывается одной из главных фигур Античности, заново открываемых Западной Европой в эпоху Возрождения. Но против Аристотеля и засилья логики (силлогистики) выступают гуманисты Лоренцо Валла, Рудольф Агрикола и Эразм Роттердамский, которые стремятся противопоставить схоластическую философию идеалам античной пайдейи (Цицерон, Квинтилиан) и возвратиться к классической грамматике и риторике. При этом Агрикола обращается к текстам самого Аристотеля и излагает их на изящной цицероновской латыни, во Франции латинские парафразы Аристотеля предпринимает Ж. Лефевр д'Этапль. Вместе с тем против метафизического наполнения логической проблематики в пользу чистой логики выступают Вивес, Низолий, Джордано Бруно и открывают тем самым путь критике Аристотеля с позиций новоевропейской науки.