Большой научный результат дали его путешествия на Синайский полуостров, где удалось отснять сотни древних объектов в монастыре великомученицы Екатерины. Анализ христианской археологии Ближнего Востока Н.П. Кондаковым поставил русскую науку на уровень, методологически равный европейскому, и ввёл в её оборот материал, накопленный на Западе. В конце XIX в. русская христианская археология проникла в «святая святых» римской школы, в Италию, где Н.П. Кондаков изучал византийские миниатюры, его ученики (Дмитрий Власьевич Айналов, Егор Кузьмич Редин) – мозаики, а Николай Дмитриевич Протасов (1886–1940 гг.) обследовал так называемые василианские гроты (пещерные монастыри Калабрии и Апулии в окрестностях Бари, Монополи и Бриндизи) и установил их византийское происхождение. В советский период исследования в области христианской археологии смогли уцелеть и развиваться в России вопреки атеистической идеологии, благодаря источниковедческим основам, выработанным на рубеже XIX–XX вв. Решающая роль в процессе закладки основ принадлежала группе учёных, сложившейся вокруг Н.П. Кондакова. Предпосылки его метода, заложенные работами Фёдора Ивановича Буслаева, были впоследствии развиты Михаилом Владимировичем Алпатовым (1902–1986 гг.), Николаем Ивановичем Бруновым (1898–1971 гг.), Виктором Никитичем Лазаревым (1897–1976 гг.), Леонидом Антоновичем Мацулевичем (1886–1959 гг.) и др. Яков Иванович Смирнов (1869–1918 гг.) доработал методику Н.П. Кондакова, включив в процедуру археологического анализа приёмы, принятые в филологической критике; Д.В. Айналов воспитал учеников-искусствоведов Владимира Константиновича Мясоедова, Николая Петровича Сычёва, Николая Львовича Окунева, Константина Витальевича Шероцкого, Андрея Николаевича Грабара и др. В 1920–1950 гг. выдающиеся русские учёные (Н.П. Кондаков, Александр Александрович Васильев, Михаил Иванович Ростовцев, А.Н. Грабар и др.), вынужденные после Октябрьской революции 1917 г. уехать из страны, способствовали развитию христианской археологии в Европе и Америке. Оставшиеся подвергались преследованиям (Д.В. Айналов, Л.А. Мацулевич, Ф.И. Шмит), многие погибли. В России были закрыты Херсонесская комиссия Государственной академии истории материальной культуры (1927 г.), «Византийский временник» (1928 г.), отделение византийского искусства в Государственном Эрмитаже (1931 г.) и Византино-русская комиссия. Но сохранялась возможность изучать христианскую археологию в рамках поздней Античности, истории искусства, строительства и ремёсел, национальных культур СССР, прежде всего, Армении и Грузии. Победа в Великой Отечественной войне ослабила идеологические преследования и открыла возможность активизировать изучение византийских древностей юга СССР и Балкан. Был возобновлён «Византийский временник» (1947 г.), издавались труды по византийскому искусству и архитектуре, в которых затрагивались темы христианской археологии (В.Н. Лазарев, Н.И. Брунов, А.Л. Якобсон), устраивались выставки музейных собраний, включавших раннехристианские памятники, велись раскопки в Крыму и на Кавказе.