Согласно Плутарху, есть два противоположных первопринципа: «монада» (бог, истинно сущее) и «диада» («подлежащее всего бесформенного и беспорядочного»). Его космогония целиком основана на диалоге Платона «Тимей». Оригинально его понимание той беспорядочной зыбкой субстанции, из которой демиург сотворил мир. Это вовсе не материя (которая сама по себе «бескачественна», инертна и не может быть ничему противоположна), а некое соединение материи и неразумной злой души, которая и есть причина ее беспорядочного движения. Бог «сотворил» душу, придав ей разум (логос), но не бытие. Плутарх утверждал, что Платон в «Тимее» под «необходимостью» имел в виду именно злую душу (в отличие от собственно «материи»), а о злой душе, противоположной душе «благодетельной», он говорил в «Законах». Самостоятельно существующая «злая душа» – чуждый платонизму элемент (он был отвергнут позднейшей традицией, кроме Герода Аттика), и у Плутарха объясним лишь его симпатиями к восточным культам. В сочинении «Об Исиде и Осирисе» он предлагает аллегорическую интерпретацию египетской мифологии с привлечением языка зороастрийской религии. Однако самым ранним образцом школьного платонического комментария являются «Платоновские вопросы» Плутарха – толкование трудных мест из платоновских диалогов. Среди них такие: почему в «Тимее» верховный бог назван «отцом» и «творцом» сущих? Почему о душе Платон всегда говорит, что она старше тела, что она его причина и начало, и в то же время утверждает, что душа не возникает без тела, как и ум – без души? В каком смысле говорится о том, что был совершен посев душ на Земле, на Луне и на других орудиях времени? В теоретической психологии примечательно учение Плутарха о тройственной структуре человека и четкое различение ума и души (которые отличаются так же, как душа и тело), развиваемое в трактате «О лике на Луне». А также представление о «двойной смерти»: первая смерть (отделение души от тела) – на Земле, вторая – на Луне, когда от души отделяется ум. В сочинении «О демоне Сократа» мотив обособленности ума даже усилен – об уме говорится как о «демоне», извне приданном человеческому телу. Развиваемая Плутархом под несомненным влиянием Ксенократа демонология включала определение демона как души, существующей между инкарнациями, учение о благих и злых демонах и об отношении благих демонов и богов. В логике Плутарх принимал аристотелевскую силлогистику и учение о категориях, считая их вполне платоническими (хотя особенностью «среднего» платонизма был как раз антиаристотелизм, проявлявшийся, в первую очередь, в критике учения о категориях), но также адаптировал отдельные элементы логики стоиков. В этике он также больше следовал Аристотелю, хотя исходил из характерного платонического понимания цели жизни как «уподобления богу», достигаемого через упражнение в добродетели (преимущественно теоретической). Аристотель как главный авторитет и стоики как главные оппоненты – отличительная черта этических сочинений Плутарха. В сочинении «О нравственной добродетели» он критикует стоиков за отрицание неразумной части души; в трактате «Об общих понятиях» (посвященном широкому спектру вопросов о критерии истинности знания) – за отрицание в этике телесных и внешних благ как необходимого условия счастья (для стоиков это – «безразличное»). Стержнем этических воззрений Плутарха были понятия «образованности» и «гуманности» – центральные также и для биографического цикла, дополняющего теоретические трактаты по этике.