Вероисповедная политика фашистского режима была направлена, во-первых, на разрушение сложившихся традиционных религиозных структур, «атомизацию» конфессий и Церквей, а во-вторых – на осуществление тотального контроля за всеми проявлениями религиозной жизни, поскольку Гитлер считал религиозный фактор одним из важнейших в деле управления покоренными народами. Его религиозная политика сводилась к насильственному дроблению Церквей, ликвидации централизованных органов религиозных объединений, формированию марионеточных религиозных центров, использованию религии и священнослужителей в политических целях и т.д. Он говорил о том, что интересам Германии соответствует такое положение, при котором каждая деревня должна иметь собственную секту, где развивались бы особые представления о Боге.

Рубежом в развитии отношений Церкви и советского государства, наполнявшихся в условиях ожесточенной борьбы с фашистским агрессором новым патриотическим содержанием, стала встреча Сталина с ведущими иерархами – митрополитом Сергием (Страгородским), Алексием (Симанским) и Николаем (Ярушевичем) – 4 сентября 1943 г., на которой были обсуждены актуальные вопросы возрождения церковной организации, и Церковь получила разрешение на формирование канонических органов управления. В сентябре 1943 г. Архиерейский Собор избрал предстоятелем Русской Церкви с титулом «патриарх Московский и всея Руси» митрополита Сергия, а освобождение из заключения архиереев позволило восстановить деятельность епархий. Правительственное постановление 1943 г. «О порядке открытия молитвенных зданий религиозных культов» создало благоприятные возможности для резкого увеличения количества храмов и монастырей.

Расширилась правосубъектность Церкви, которая смогла открыть свои учебные заведения, а также вести издательскую деятельность и наладить производство для обеспечения богослужения, т.е. свечные заводы и мастерские церковной утвари. Совнарком принял ряд постановлений, изменивших или дополнивших нормы постановления 1929 г. «О религиозных объединениях» в сторону отмены ограничений религиозной жизни. В частности, в августе 1945 г. религиозным обществам, включая монастыри, было предоставлено право юридического лица в части аренды, строительства и покупки в собственность для церковных нужд домов, строений, транспорта и утвари, снимались ограничения на колокольный звон, местным органам предлагалось не препятствовать деятельности монастырей и т.д.

В 1943 г. при Правительстве СССР был создан Совет по делам Русской Православной Церкви, а в июле 1944 г. приступил к работе Совет по делам религиозных культов, которые имели своих уполномоченных на местах. Права, обязанности, сфера компетенции и организационная структура двух Советов были идентичны. Совету по делам религиозных культов при Совнаркоме СССР предписывалось «осуществлять связь между Правительством СССР и руководителями религиозных объединений: мусульманского, иудейского, буддийского вероисповеданий, армяно-григорианской, старообрядческой, греко-католической, католической и лютеранской Церквей и сектантских организаций по вопросам этих культов, требующим разрешения Правительства СССР».