В действительности декрет выходил за пределы соответствия демократическим нормам, поскольку отделение от государства толковалось как радикальное исключение религиозных учреждений из сферы гражданско-правовых отношений. Церковные организации лишались права юридического лица, а все их имущество объявлялось «народным достоянием», т.е. фактически становилось государственной собственностью, из которой необходимые для богослужения предметы и церковные здания могли передаваться в пользование религиозных общин. В результате вместо свободы от государства религиозные объединения оказывались в полной от него зависимости.

Политика большевистской власти сразу же приобрела антирелигиозный характер, поскольку коммунистическая идеология была пронизана научным атеизмом. Лежащая в ее основе марксистская доктрина рассматривала религию как форму общественного сознания, которая закономерно отомрет в бесклассовом коммунистическом обществе. Преодоление религии было главным условием для решения главной задачи – построения коммунизма. Отношение к религии в данном случае должно быть подчинено общим задачам революционной борьбы. Ленин подчеркивал, что различия в мировоззренческих представлениях не должны препятствовать вовлечению трудящихся в революционное движение, поэтому большевики активно стремились привлечь на свою сторону представителей религиозных течений, находящихся в оппозиции господствующей Церкви.

Декрет 1918 г. проводился в жизнь отделом Народного комиссариата юстиции с привлечением карательных органов советской власти. При государственных учреждениях закрывались духовные школы и церкви, конфисковывалось принадлежавшее Церкви недвижимое имущество, включая земельные участки, дома причта и благотворительные учреждения. Была поставлена задача «полного уничтожения монастырей как рассадников паразитизма», в результате чего к 1921 г. было закрыто 673 монастыря – около половины действовавших в России перед революцией. Были убиты представители духовенства, по тем или иным причинам вызывавшие подозрение властей. По стране прокатилась волна экспроприации церковных ценностей, в рамках атеистической пропаганды проводились вскрытия мощей, хранившихся в соборах и монастырях. Эти акции санкционировало постановление СНК от июля 1920 г. «О ликвидации мощей во всероссийском масштабе».

Коммунистическая идеология выступала не просто против религии, она являла собой некую эрзац-религию, подражающую христианству, где все основные элементы христианского религиозного комплекса имели свои аналоги: эсхатология и дихотомия Добра и Зла, пророки и апостолы, святые и мученики, святыни и обряды, иерархия и еретики. Столкновение шло не безбожия с религией, а господствующей псевдорелигии со всеми остальными религиозными учениями. В итоге советская государственность, хотя и провозгласила де-юре отделение Церкви от государства, де-факто она являлась единственным в мире конфессиональным государством, в котором господствующей религией был воинствующий атеизм коммунистической партии.