По мнению Победоносцева, возвращение к ситуации XVII в. было уже невозможно, тогда как разрастание церковных преобразований лишь породит смуту. Поэтому он считал, что введение юридического равенства православного и неправославных исповеданий не приведет к религиозной свободе, а станет причиной новых разделений русского народа. Но позиция Победоносцева вопреки всем расхожим суждениям вовсе не была стремлением заморозить наиболее острые проблемы вместо их решения. Он понимал, что отделить Церковь от православной империи значило бы подорвать изнутри весь государственный строй, поскольку русское самодержавие прочно укоренено в православной вере народа и без него существовать не может. Его негативное отношение к вероисповедным преобразованиям базировалось не столько на отрицании их необходимости, сколько на глубоком понимании всей их сложности.

Видя свою основную задачу в возвышении роли православной Церкви, Победоносцев считал ее решение невозможным без содействия светской власти. Однако при нем живые силы русского православия были буквально задавлены неимоверными по масштабам бюрократизацией и имперским администрированием. Все вопросы жизни и деятельности Церкви были монополизированы светской администрацией, полностью взявшей в свои руки управление Святейшим Синодом. Победоносцев считал, что государство, в сущности, только держит за собой право выбора епископов и пастырей, но оно принадлежит не ему, а клиру и народу, но возвращение этого права кому следует зависит именно от государства, властвующего в Церкви. Получалось, что на словах он заботился о повышении религиозности русского общества и авторитета Церкви, в реальности его действия сковывали инициативу Церкви и роняли ее престиж, подрывали авторитет в народе, т.е. приводили к обратным результатам.

Во многом благодаря снижению и ослаблению православной духовности из-за нарастающих явлений казенщины и формализма в деятельности Церкви в последние десятилетия XIX в. происходил стремительный рост религиозной оппозиции, выразившейся в ускорении новых протестантских течений – баптизма, адвентизма и евангельского христианства. Они больше не были так называемыми «иностранными исповеданиями», а приобрели сугубо русскую этническую основу. Ее составили представители старых сектантских течений, делавшие в отличие от старообрядцев акцент не на обрядовой, а на догматической стороне своих расхождений с православием. Эти секты, получившие название рационалистических, появились в России в конце XVIII в., распространившись преимущественно в южнорусских и причерноморских губерниях. Для них были характерны отрицание духовной иерархии, таинства исповеди, монашества, почитания святых, икон и мощей. В основе их вероучения лежали догматы веры, согласующиеся с доводами и логикой разума, в связи с чем приобретало особое значение индивидуальное осмысление текстов Священного Писания, преимущественно книг Нового Завета.

Для религиозной жизни пореформенной России характерны многочисленность сект, их живучесть, быстрое и тайное распространение, появление новых учений и толков. При этом сектантское движение как духовная оппозиция господствующей Церкви охватывала не только крестьянские и ремесленнические слои населения Южной и Средней России, но и великосветские круги Петербурга (так называемые пашковцы), а также просвещенные слои Российской империи (толстовцы).