Решением Синода РПЦ от 12 июня 1992 г. Зеленецкий монастырь был официально открыт. Первый иноческий постриг состоялся 28 августа того же года. С 10 марта 1994 г. исполняющим обязанности настоятеля был иеромонах Иосиф (Белицкий), с 1996 г. настоятелем был игумен Пахомий (Трегулов). В обители проживало около десяти человек братии. В августе 1992 г. в Иоанно-Богословской церкви были обретены мощи Мартирия, 22 октября – останки митрополита Корнилия. 11 ноября 1994 г., после окончания ремонтных работ, состоялось малое освящение Иоанно-Богословского храма. 24 ноября 1998 г. в связи с его подтоплением мощи Мартирия и останки Корнилия в специально изготовленных ковчегах были перенесены в Благовещенскую церковь. В 2003 г. в Зеленецком монастыре торжественно отмечалось 400-летие со дня кончины Мартирия. 14 марта состоялось освящение часовни, построенной на предполагаемом месте первоначального подвига преподобного (в 1,5 км от монастыря). В 2004 г. Иоанно-Богословская церковь пострадала от поджога, в мае 2008 г. была восстановлена, и в ней совершаются богослужения. Святыни возвращены в Благовещенскую церковь, где проходят праздничные богослужения. В храме находятся чтимые Коневская и Тихвинская иконы Божьей Матери, иконы архангела Михаила, святых Митрофана Воронежского, Александра Невского, Мартирия Зеленецкого и Иакова Боровичского. Устроена звонница, заменены кровли храмов, келейных корпусов и монастырской стены, восстановлено шатровое завершение колокольни, отремонтированы кельи. Предполагается реставрация Троицкого собора с восстановлением первоначальной формы куполов и северо-западного корпуса. Ансамбль монастыря – объект культурного наследия федерального значения. С 22 мая 1992 г. подворьем Зеленецкого монастыря в Санкт-Петербурге является церковь в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» (1906–1909 гг.; проспект Обуховской Обороны, 22–24), построенная на месте сгоревшей деревянной часовни в честь Тихвинской иконы Божьей Матери (конец XVIII в.). В Тихвинской часовне находилась чудотворная икона Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» с грошиками: когда 23 июля 1888 г. от удара молнии часовня загорелась, то после пожара к иконе оказались чудесным образом прикреплены 12 монет – полукопейки из кружки для сбора пожертвований. В 1894–1896 гг. рядом с часовней, на участке, подаренном императором Александром III, был построен каменный храм в русском стиле (архитекторы Александр Иванович фон Гоген, Александр Васильевич Иванов). 2 августа 1898 г. состоялось освящение главного придела в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» епископом Ямбургским Вениамином (Муратовским). 3 декабря 1898 г. Иоанн Кронштадтский освятил левый придел во имя Николая Чудотворца и пророка Илии. Икона оставалась в часовне, но на праздники переносилась в Скорбященскую церковь. В 1906–1909 гг. по ходатайству прихода на месте деревянной была построена каменная часовня в русском стиле (архитектор А.И. фон Гоген). Освящена 20 декабря 1909 г. епископом Нарвским Никандром (Феноменовым). В восточной части часовни на цоколе из лабрадора находился киот для чудотворной иконы, с бронзовой сенью в золотой раме, с 2379 драгоценными камнями (в том числе бриллиантами). Деревянную часовню сохранили и установили в правой части новой постройки.