В описи, составленной в ноябре 1924 г. представителями администрации Волховского уездного исполкома, перечислены оставшиеся в Зеленецком монастыре пять Евангелий «в серебряных переплётах», четыре креста, из них два позолоченных, три кадила, ковчег и дароносица, десять икон с серебряными деталями убранства, складень на гробнице митрополита Корнилия в серебряном окладе. В монастыре было десять колоколов весом от 1 до 214 пудов. В начале 1920 гг. последним настоятелем перед упразднением Зеленецкого монастыря стал архимандрит Иосиф (Харин; ум. в 1965 г.). В 1924 г. в числе братии кроме него состояли шесть иеромонахов и иеродиакон. В 1928–1929 гг. Троицкий собор и Благовещенская церковь бывшего Зеленецкого монастыря перешли к иосифлянам. К марту 1930 г. Зеленецкий монастырь был окончательно ликвидирован. Решением Волховского райисполкома от 29 апреля 1930 г. по ходатайству «двадцатки прихода Троицко-Зеленецкого монастыря» было дано разрешение на проживание в сторожке при Иоанно-Богословской церкви иеромонаха. 9 июня 1932 г. коопсельхоз «Зеленец» ходатайствовал о закрытии и передаче ему двух храмов обители для переоборудования их под клуб и дом отдыха рабочих «Алюминьстроя», «исходя из того, что в церквях постоянной службы не производится и три церкви б(ывшего) монастыря обслуживает 1 иеромонах, который служит не чаще 1 раза в год». На заседании Леноблисполкома от 3–11 июля 1932 г. было принято постановление «считать Троицкий собор и Благовещенскую ликвидированными». «В пользование верующим» оставлялась Иоанно-Богословская церковь. Собор был переоборудован под клуб, позже перестроена Благовещенская церковь, внутреннее убранство храмов полностью утрачено. По рассказам местных жителей, последним насельником упразднённого монастыря был иеромонах Дамиан (Юдин), до 1937 г. проживавший при церкви. В 1937 г. часть монастырских зданий передали «агробазе “Зеленец”» – подсобному хозяйству алюминиевого комбината. В Зеленецком монастыре располагались трудовая колония города Волхова, профтехучилище для инвалидов, в 1941 г. – военный госпиталь, в 1945–1975 гг. – дом инвалидов общего типа (с 1969 г. – психоневрологический интернат Ленинградского отделения социального обеспечения, или дом психохроников). В 1976 г. арендаторы окончательно выехали с территории обители. Проект реставрации Зеленецкого монастыря был разработан Ленинградским филиалом института «Спецпроектреставрация» (1982–1989 гг., А.Д. Масленников, В.В. Фомин, В.М. Антипин, Т.Н. Пятницкая). 12 декабря 1990 г. здания монастыря были переданы епархиальному управлению. Первая литургия была отслужена 23 октября 1991 г. в Благовещенской церкви. В марте следующего года настоятелем Зеленецкого монастыря был назначен игумен Сергий (Булатников). 28 мая в обитель прибыли первые постоянные насельники, с июня 1992 г. возобновились богослужения в Троицком и Иоанно-Богословском храмах.