Здание церкви в честь Благовещения Пресвятой Богородицы включает несколько сужающихся к западу объёмов: небольшой, но высокий четверик собственно храма, увенчанный главкой на глухом восьмерике, полукруглую в плане апсиду, трапезную, келарские палаты с притвором и классицистическим крыльцом (конец XVIII в.). Длина церкви 30 м, ширина более 16 м, высота до верха карниза более 7 м. Фасады не имеют членений. Под карнизом идут пояса бегунца и поребрика, непосредственно на объёме церкви они вместе с профилированными тягами и прямоугольными нишками образуют очень широкий декоративный орнаментальный фриз. На нижнем ярусе южного фасада сохранились три нарядных оригинальных наличника из фигурного кирпича, окружённые в простенках поясами ширинок. Такой же наличник украшает алтарную апсиду. Ниши декоративного «ковра» из ширинок так и не были заполнены изразцами. На фасадах церкви сохранились поливные профильные изразцы глубокого зелёного тона. На изразцах изображены обращённые друг к другу львы и букеты в восьмиугольных рамках. Кресты из пяти прямоугольных изразцов (18х21 см) помещены в простенках второго этажа преимущественно на западном и южном фасадах; такие кресты известны на фасаде трапезной Петропавловской церкви Сереткина монастыря в Пскове (1682–1684 гг.). Барабан главки до 1770 г. был украшен зелёной глазурованной черепицей. Интерьеры Благовещенской церкви достаточно просты. Планы основного объёма и подцерковья полностью совпадают. Низкий, но широкий зал почти квадратной в плане трапезной переходит в также квадратный в плане, более высокий, но небольшой по объёму интерьер церкви. Изначально подцерковье, не выявленное на фасадах, предназначалось для устройства придела или усыпальницы. Одностолпные палаты нижнего и верхнего этажей перекрыты коробовыми сводами с распалубками, помещение церкви – крутым сомкнутым сводом. Подцерковье, как и основной объём, разделено столбами на три нефа и имеет низкие своды. Трапезная Зеленецкого монастыря по структуре соответствует трапезным Александро-Свирской (1530 или 1580 гг.) и тихвинской Успенской (1581–1583 гг.) обителей, но богатый декор выделяет её среди подобных новгородских сооружений. Отдельно стоит восьмигранная столпообразная колокольня (1686 г.), шатровая, высотой 32 м. Каждый из её ярусов уже предыдущего и отделён небольшим уступом. Глухая плоскость стен первого яруса выделена лишь порталом. Второй ярус обработан большими килевидными нишами, расположенными на каждой грани. Такие же, но меньшего размера ниши-филёнки попарно расположены на гранях третьего яруса. Пояс ширинок, на полях которых находились поливные изразцы, отделяет этот ярус от яруса звона, большие арки оформлены трёхчетвертными колонками с муфтами. Карниз раскрепован, в настоящее время воссоздано историческое шатровое завершение (шпиль был утрачен в советское время). Е.В. Кондратьева возводит тип Зеленецкой колокольни к архитектуре придела «под колоколы» св. Феодосия новгородской церкви великомученика Никиты (1555–1557 гг.). Однако колокольня Зеленецкого монастыря построена «восьмериком от земли» (новгородские колокольни XVII в. обычно представляют собой «восьмерики на четверике»), и её пластическое решение (особенно верхних ярусов) богаче.