Профильные зелёные изразцы включены в композицию наличника северного фасада. В среднем прясле западного фасада в стену вставлены квадратные изразцы с полихромным орнаментом. Керамический валиковый профиль с орнаментом из завитков опоясывает всё здание собора, отделяя завершающую часть здания. На западном фасаде он имеет полихромную поливу, на остальных – зелёную. Поясом из гладких муравлёных (зелёных) изразцов украшен фриз алтарной апсиды. Такие же изразцы применены в декоре колокольни. Западные столбы собора, восьмигранные в плане, имеют прямоугольные основания. Иконостас располагается перед восточными столбами, пространство перед ним освещается потоком света из центрального купола. Подпружные арки исследователями почти не выявлены, т.к. они выложены на одном уровне с коробовыми сводами рукавов креста, оканчивающимися лотками со стороны закомар. Угловые компартименты перекрыты сомкнутыми сводами, боковые барабаны глухие. Как и сооружённые при митрополите Корнилии соборы Вяжищского Никольского монастыря (1681–1685 гг.) и Знаменский в Новгороде (1682–1688 гг.), а также собор Рождества Иоанна Предтечи староладожского Иоанновского монастыря (1695 г.), собор Зеленецкого монастыря отличается большими размерами, сложной композицией и своеобразным декором. Исследователи полагают, что в этих монастырях работала одна и та же артель, хотя Троицкий собор (как и Иоанно-Предтеченский) более архаичен, стены толще (в подклете – 2,5 м), и некоторыми чертами он напоминает новгородские храмы XVI в. Восьмигранные столбы являются «новгородской версией круглых столбов с постаментами, распространённых в зодчестве Московской Руси в храмах, ориентирующихся на интерьер Успенского собора Московского Кремля». По мнению Валентина Васильевича Седова, тип и конструкции трёх соборов митрополита Корнилия связаны с архитектурой Ростовской епархии эпохи митрополита Ионы (1652–1690 гг.), представленной такими памятниками, как собор Воскресенского монастыря в Угличе (1674–1677 гг.), Никольский собор Улейминского во имя Николая Чудотворца монастыря (1677 г.), надвратная церковь Сергия Радонежского в Борисоглебском монастыре (около 1680 г.), верхние части Покровского собора Паисиева угличского монастыря (не сохранились) и собор Спасского на Песках монастыря в Ростове (1680 гг.). Их роднит пятиглавие с центральным световым барабаном и глухими барабанами на сомкнутых сводах в углах, а также не выявленные, слитые со сводами подпружные арки. Принципиально близки к декору ростовских памятников приплюснутые закомары, аркатуры барабанов и наличники окон трёх новгородских соборов. Приведённые аналогии позволяют В.В. Седову с большой долей вероятности предполагать сильнейшее влияние зодчества Ростова и разработанного им типа соборного храма на новгородскую архитектуру эпохи митрополита Корнилия. «Таким образом, в Троицком соборе Зеленецкого монастыря сочетаются архитектурно-строительный опыт, накопленный в новгородском зодчестве XIV–XVI столетий и в среднерусской архитектуре XVII в.» (Е.В. Кондратьева).