Храмовые здания окружены по периметру четырьмя двухэтажными корпусами, возводившимися одновременно с храмами. При митрополите Корнилии в них размещались настоятельские и братские кельи, келарская, поварня, кладовые и сушила; жилые помещения преимущественно располагались на верхних этажах. Среди монастырских комплексов Новгородской земли почти не сохранилось подобных сооружений. Впоследствии в южном и северо-западном корпусах располагались братские кельи, в юго-восточном (бывшем настоятельском) корпусе – трапезная и кельи, в северном – хлебный амбар, швальни и кладовые. В ряде интерьеров сохранились сводчатые перекрытия. Завершена реставрация монументального (в 16 осей) южного корпуса, богато декорированного перспективными порталами и наличниками разной формы (три основных типа), схожими с декором монастырских церквей, но, по мнению Е.В. Кондратьевой, более близкими к северной традиции украшения храмов (Кириллов Белозерский монастырь). Хуже сохранился юго-восточный корпус (в 11 осей по главному западному фасаду и в пять осей по боковым): некоторые проёмы заложены, наличники скрыты под штукатуркой. Северный корпус включает здание на высоком подклете в четыре оси (восстановлено с сохранением переделок XIX в.) и здание в пять осей; декор наличников был срублен. Северо-западный корпус, частично разобранный к середине первого десятилетия XXI в., находится в аварийном состоянии. Строительные особенности большинства сооружений Зеленецкого монастыря отличаются самобытностью, но в целом восходят к новгородской традиции XVI–XVII вв. Основания сооружений выкладывались из валунов диаметром до 1,5-2 м, особенно по углам. Как строительный материал использовался большемерный кирпич на известковом растворе, в кладке чередуются тычки и ложки в одном ряду. По сдержанному характеру изразцового убранства ансамбль Зеленецкого монастыря близок к новгородским храмам 1680 гг. Массивная кирпичная ограда «в 2 аршина толщиною» (1680 гг.) включала надвратную Иоанно-Богословскую церковь. В плане она представляет собой четырёхугольник с переломом в западной стене (у св. ворот) и со срезанным юго-западным углом. Длина стены более 480 м, высота 5,7 м, толщина 1,4 м, была покрыта тёсом. Ограда разбита лопатками шириной немногим более 1 м, расположенными через 5-6 м, завершена карнизом простого рисунка. Из трёх ворот монастыря только северные сохранились близкими к первоначальному виду. Они состоят из широкого въездного проёма и калитки (закрыта кирпичной пристройкой), по оси ворот возвышается декоративная главка на барабане. Следующий этап строительных и ремонтных работ в монастыре наступил только в конце 1810 гг., в основном, проходил с 1824 г., при архимандрите Кирилле. В 1818–1819 гг. санкт-петербургские мастера с Охты, резчик М. Волков и золотильщик И. Ярославцев, выполнили соборный четырёхъярусный иконостас, состоявший из местного, деисусного, праздничного и праотеческого (уничтожен в советское время) рядов. В 1820 гг. осмотром зданий, сметами и проектами занимался приглашённый в Зеленец архитектор Александро-Невской лавры Василий Петрович Петров, предоставивший проект необходимых переделок к январю 1824 г. Собор был укреплён контрфорсами.