В августе 1937 г. в Комиссии по вопросам культов был разработан проект нового постановления «Об отправлении религиозных культов и о молитвенных зданиях». Законопроект, направленный в ЦИК и СНК СССР, так и не был утверждён, а 16 апреля 1938 г. была упразднена сама Комиссия по вопросам культов при Президиуме ЦИК СССР. Постановление «О религиозных объединениях», в котором содержались многочисленные упоминания об упразднённой Комиссии и её территориальных структурах, тем не менее, не было отменено, хотя на деле не исполнялось ввиду закрытия к концу 1930 гг. подавляющей части храмов и молельных зданий. В СССР произошла фактическая делегитимизация религиозной жизни. К началу 1939 г. на всей территории страны сохранилось лишь около 600 зарегистрированных религиозных объединений. Во время Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. высшее партийное руководство пересмотрело своё отношение к Русской православной церкви и другим конфессиям. Это привело к частичному изменению законодательства о религиозных культах. 7 октября 1943 г. был создан Совет по делам Русской православной церкви при СНК СССР, в задачи которого входили разработка законопроектов, инструкций и других указаний по их применению, а также надзор за исполнением законодательства, относящегося к Русской православной церкви (соответствующие функции по отношению к другим конфессиям возлагались на Совет по делам религиозных культов при СНК СССР, образованный 19 мая 1944 г.). Новые правовые акты утверждались решениями Правительства СССР и отдельных общесоюзных ведомств. До конца войны появилось больше десятка постановлений, затрагивавших различные вопросы деятельности религиозных организаций. Важнейшим из них было принятое постановлением СНК СССР от 28 ноября 1943 г. положение «Об открытии православных храмов». В нём рассматривались основные принципы регистрации церковных общин Русской православной церкви, которые принципиально отличались от норм постановления «О религиозных объединениях» 1929 г. Например, в Положении 1943 г. содержалась норма о согласовании регистрации православных общин с местными епархиальными архиереями Русской православной церкви. Регистрация религиозных общин производилась Советом по делам Русской православной церкви по представлению местных властей и утверждалась каждый раз особым решением Правительства СССР, тогда как в Постановлении 1929 г. речь шла о регистрации религиозных объединений районными и городскими органами власти. Более детально вопросы деятельности религиозных общин в новых условиях рассматривались в выпущенной в апреле 1944 г. Советом по делам Русской православной церкви инструкции «По открытию церквей, молитвенных домов и регистрации церковных общин, их исполнительных органов и служителей культа». Инструкция была секретной, она доводилась до сведения районных и городских властей как рабочее указание областных уполномоченных Совета по делам Русской православной церкви и сопровождалась предписанием о том, что она «предназначена только для служебного пользования, а потому знакомить с ней духовенство и верующих не разрешается» и «должна храниться наравне с документами, не подлежащими разглашению».