Органы власти районного и городского уровня обладали правом по согласованию с областными властями расторгнуть договор о пользовании молитвенным зданием в случае его несоблюдения религиозным обществом. И в том, и в другом случае религиозное общество обладало правом обжаловать во ВЦИК в двухнедельный срок решение местных властей об изъятии молитвенного здания. Молитвенное здание также могло быть закрыто решением сельсовета или райисполкома в случае его ветхости и угрозы разрушения; последующий снос здания, если ремонт не проводился или был невозможен, утверждался решением облисполкома, о возможности обжаловать его во ВЦИК закон не упоминал. Принципиально важным было отсутствие в Постановлении 1929 г. входившего в Инструкцию НКЮ и НКВД от 19 июня 1923 г. положения об изъятии храма у верующих, «если это мероприятие отвечает запросу трудящихся масс в форме многочисленных коллективных заявлений». Однако на практике, несмотря на принятие нового постановления, местные власти продолжали активно организовывать принудительные собрания местных жителей для вынесения на них резолюций о закрытии храмов. Подобное нарушение только что вступившего в силу законодательства носило в 1929 г. – начале 1930 г. массовый характер. 8 апреля 1929 г., одновременно с принятием постановления «О религиозных объединениях», была образована Комиссия по вопросам культов при Президиуме ВЦИК во главе со П.Г. Смидовичем. Комиссия должна была заниматься реализацией религиозного законодательства, прежде всего, нового постановления. Однако регулярные заседания Комиссии начались только в 1930 г., поэтому вопросами правового регулирования религиозной политики продолжал заниматься НКВД РСФСР. Между тем для реализации постановления «О религиозных объединениях» необходимо было издать дополнительные подзаконные акты. В течение первого полугодия после принятия постановления НКВД выпустил несколько ведомственных актов по не рассмотренным в законе вопросам: об использовании для религиозных собраний помещений, не относившихся к зданиям религиозного культа; об использовании одного молитвенного здания религиозными объединениями разных конфессий; о правилах регистрации религиозных объединений. Особое значение имела утверждённая 1 октября 1929 г. инструкция «О правах и обязанностях религиозных объединений». Она в несколько ином порядке повторяла содержание статей постановления «О религиозных объединениях». Пункты инструкции были объединены в тематические разделы по самым разным вопросам деятельности религиозных объединений: «Цель и состав», «Образование и расходование средств», «Исполнительные органы», «Собрания и съезды», «Шествия и церемонии», «Регистрация», «Отчётность и учёт», «Надзор», «Ликвидация». Очевидно, предполагалось, что в практической работе с религиозными объединениями государственные органы будут использовать не постановление ВЦИК, а подзаконную ведомственную инструкцию НКВД. Дублируя в целом положения постановления «О религиозных объединениях», инструкция «О правах и обязанностях религиозных объединений» вводила ряд дополнительных норм.